Systems-wide temporal proteomic profiling in glucose-starved Bacillus subtilis.
Systems-wide temporal proteomic profiling in glucose-starved Bacillus subtilis.
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DOI：
10.1038/ncomms1137
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发表时间：
2010
影响因子：
16.6
通讯作者：
Becher, Doerte
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Otto, Andreas;Bernhardt, Joerg;Meyer, Hanna;Schaffer, Marc;Herbst, Florian-A.;Siebourg, Juliane;Maeder, Ulrike;Lalk, Michael;Hecker, Michael;Becher, Doerte
革兰氏阳性模式生物枯草芽孢杆菌的功能基因组学揭示了细胞生理学基本概念的有价值的见解。在这项研究中，我们监测蛋白质组，转录组和细胞外代谢组的B的时间变化。由葡萄糖饥饿引起的枯草芽孢杆菌。对于蛋白质组分析，结合体内代谢标记和鸟枪质谱分析进行了5个不同的蛋白质组亚组分（胞浆，完整的膜，膜，表面和细胞外蛋白质组部分），导致识别的预测蛋白质组的B的1052%。枯草芽孢杆菌定量蛋白质组学和相应的转录组学数据进行了分析与Voronoi树图连接功能分类和相对表达的基因产物的变化，根据他们的命运在稳定期。所获得的数据包括第一个全面的分析膜亚组分的变化，并允许深入分析主要的生理过程，包括监测蛋白质降解。 识别响应刺激而波动的转录本和蛋白质为理解细胞生理学提供了重要信息。在这项研究中，52%的枯草芽孢杆菌预测蛋白质组在葡萄糖饥饿后被鉴定，揭示了全球范围内蛋白质动力学的进一步见解。
Functional genomics of the Gram-positive model organism Bacillus subtilis reveals valuable insights into basic concepts of cell physiology. In this study, we monitor temporal changes in the proteome, transcriptome and extracellular metabolome of B. subtilis caused by glucose starvation. For proteomic profiling, a combination of in vivo metabolic labelling and shotgun mass spectrometric analysis was carried out for five different proteomic subfractions (cytosolic, integral membrane, membrane, surface and extracellular proteome fraction), leading to the identification of ∼52% of the predicted proteome of B. subtilis. Quantitative proteomic and corresponding transcriptomic data were analysed with Voronoi treemaps linking functional classification and relative expression changes of gene products according to their fate in the stationary phase. The obtained data comprise the first comprehensive profiling of changes in the membrane subfraction and allow in-depth analysis of major physiological processes, including monitoring of protein degradation. Identifying the transcripts and proteins that fluctuate in response to stimuli provides important information for understanding cell physiology. In this study, 52% of the Bacillus subtilis predicted proteome is identified following glucose starvation, revealing further insight into protein dynamics at a global scale.
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影响因子：
3.2
作者：
JIN, SF;SONENSHEIN, AL
通讯作者：
SONENSHEIN, AL
影响因子：
3.4
作者：
Gatlin, CL;Pieper, R;Peterson, SN
通讯作者：
Peterson, SN
影响因子：
3.2
作者：
Hahne, Hannes;Maeder, Ulrike;Becher, Doerte
通讯作者：
Becher, Doerte
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2.8
作者：
Doan, T;Servant, P;Aymerich, S
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Aymerich, S
影响因子：
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作者：
Dreisbach, Annette;Otto, Andreas;Voelker, Uwe
通讯作者：
Voelker, Uwe