Single-cell transcriptomics of 20 mouse organs creates a Tabula Muris.
Single-cell transcriptomics of 20 mouse organs creates a Tabula Muris.
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DOI：
10.1038/s41586-018-0590-4
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发表时间：
2018-10
期刊：
影响因子：
64.8
通讯作者：
Principal investigators
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Tabula Muris Consortium;Overall coordination;Logistical coordination;Organ collection and processing;Library preparation and sequencing;Computational data analysis;Cell type annotation;Writing group;Supplemental text writing group;Principal investigators
我们创建了模型生物小家鼠的单细胞转录组数据纲要，其中包含来自 20 个器官和组织的 100,000 多个细胞。这些数据代表了细胞生物学的新资源，揭示了特征不明的细胞群中的基因表达，并允许对组织之间共享的细胞类型（例如来自不同解剖位置的 T 淋巴细胞和内皮细胞）的基因表达进行直接和受控的比较。大多数器官采用两种不同的技术方法：一种方法是基于微流体液滴的 3' 端计数，能够以相对较低的覆盖率对数千个细胞进行调查，而另一种方法是基于 FACS 的全长转录本分析，能够以高灵敏度和覆盖率对细胞类型进行表征。累积的数据为转录组细胞生物学图谱奠定了基础。
We have created a compendium of single cell transcriptomic data from the model organism Mus musculus comprising more than 100,000 cells from 20 organs and tissues. These data represent a new resource for cell biology, reveal gene expression in poorly characterized cell populations, and allow for direct and controlled comparison of gene expression in cell types shared between tissues, such as T-lymphocytes and endothelial cells from different anatomical locations. Two distinct technical approaches were used for most organs: one approach, microfluidic droplet-based 3’-end counting, enabled the survey of thousands of cells at relatively low coverage, while the other, FACS-based full length transcript analysis, enabled characterization of cell types with high sensitivity and coverage. The cumulative data provide the foundation for an atlas of transcriptomic cell biology.
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影响因子：
64.8
作者：
Halpern KB;Shenhav R;Matcovitch-Natan O;Toth B;Lemze D;Golan M;Massasa EE;Baydatch S;Landen S;Moor AE;Brandis A;Giladi A;Avihail AS;David E;Amit I;Itzkovitz S
通讯作者：
Itzkovitz S
影响因子：
64.5
作者：
Enge M;Arda HE;Mignardi M;Beausang J;Bottino R;Kim SK;Quake SR
通讯作者：
Quake SR
影响因子：
46.9
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
48
作者：
Wu, Angela R.;Neff, Norma F.;Kalisky, Tomer;Dalerba, Piero;Treutlein, Barbara;Rothenberg, Michael E.;Mburu, Francis M.;Mantalas, Gary L.;Sim, Sopheak;Clarke, Michael F.;Quake, Stephen R.
通讯作者：
Quake, Stephen R.
影响因子：
46.9
作者：
通讯作者：
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