Quantitative assessment of single-cell RNA-sequencing methods.
Quantitative assessment of single-cell RNA-sequencing methods.
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DOI：
10.1038/nmeth.2694
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发表时间：
2014-01
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Quake, Stephen R.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wu, Angela R.;Neff, Norma F.;Kalisky, Tomer;Dalerba, Piero;Treutlein, Barbara;Rothenberg, Michael E.;Mburu, Francis M.;Mantalas, Gary L.;Sim, Sopheak;Clarke, Michael F.;Quake, Stephen R.
对单细胞全转录组分析的兴趣正在迅速增长，尤其是对于分析稀有或异质性细胞群体。我们使用大量总RNA的序列以及多重定量PCR作为基准，比较了微升和纳升体积的市售单细胞RNA扩增方法，以系统地评估各种单细胞RNA - seq方法的灵敏度和准确性。我们表明，单细胞RNA - seq可用于在单个细胞中以相对较少的测序读数进行准确的定量转录组测量，并且对大量单细胞进行测序能够重现总体转录组的复杂性。
Interest in single-cell whole-transcriptome analysis is growing rapidly, especially for profiling rare or heterogeneous populations of cells. We compared commercially available single-cell RNA amplification methods with both microliter and nanoliter volumes, using sequence from bulk total RNA and multiplexed quantitative PCR as benchmarks to systematically evaluate the sensitivity and accuracy of various single-cell RNA-seq approaches. We show that single-cell RNA-seq can be used to perform accurate quantitative transcriptome measurement in individual cells with a relatively small number of sequencing reads and that sequencing large numbers of single cells can recapitulate bulk transcriptome complexity.
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影响因子：
48
作者：
Langmead, Ben;Salzberg, Steven L.
通讯作者：
Salzberg, Steven L.
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通讯作者：
--
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作者：
Marcy, Yann;Ishoey, Thomas;Lasken, Roger S.;Stockwell, Timothy B.;Walenz, Brian P.;Halpern, Aaron L.;Beeson, Karen Y.;Goldberg, Susanne M. D.;Quake, Stephen R.
通讯作者：
Quake, Stephen R.
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46.9
作者：
通讯作者：
--
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作者：
Sasagawa Y;Nikaido I;Hayashi T;Danno H;Uno KD;Imai T;Ueda HR
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