Pathogen enrichment sequencing (PenSeq) enables population genomic studies in oomycetes.
Pathogen enrichment sequencing (PenSeq) enables population genomic studies in oomycetes.
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病原体富集测序（PENSEQ）使卵菌中的种群基因组研究。
DOI：
10.1111/nph.15441
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发表时间：
2019-03
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Hein I
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Thilliez GJA;Armstrong MR;Lim TY;Baker K;Jouet A;Ward B;van Oosterhout C;Jones JDG;Huitema E;Birch PRJ;Hein I
卵菌病原体致病疫霉（Phytophthora infestans）和辣椒疫霉（P. capsici）在世界范围内造成重大农作物损失，威胁粮食安全。在每种情况下，称为 RXLR 效应器的致病因子都会导致毒力。一些 RXLR 被抗性蛋白感知以触发宿主免疫，但我们对病原体毒力的人口统计过程和适应性进化的了解仍然很少。在这里，我们描述了 PenSeq，这是一种针对编码致病性决定因素的基因的高效富集测序方法，如臭名昭著的马铃薯枯萎病病原体致病疫霉所示，编码致病性决定因素的基因占整个基因组的 < 1%。 PenSeq 有助于表征病原体效应子的等位基因多样性，从而实现疫霉属物种的进化和群体基因组分析。此外，PenSeq能够大规模并行识别关键病原体基因中存在/不存在变异和序列多态性，这是有效部署宿主抗性基因的先决条件。 PenSeq 代表了全基因组测序的一种经济有效的替代方案，并解决了当前植物病原体群体研究的关键局限性，这些研究通常基于选择性中性标记，因此在适应性进化分析中的效用有限。该方法可以适应不同的微生物和病原体。另请参见 Kale 对本文的评论，221：1177-1179。
The oomycete pathogens Phytophthora infestans and P. capsici cause significant crop losses world‐wide, threatening food security. In each case, pathogenicity factors, called RXLR effectors, contribute to virulence. Some RXLRs are perceived by resistance proteins to trigger host immunity, but our understanding of the demographic processes and adaptive evolution of pathogen virulence remains poor. Here, we describe PenSeq, a highly efficient enrichment sequencing approach for genes encoding pathogenicity determinants which, as shown for the infamous potato blight pathogen Phytophthora infestans, make up < 1% of the entire genome. PenSeq facilitates the characterization of allelic diversity in pathogen effectors, enabling evolutionary and population genomic analyses of Phytophthora species. Furthermore, PenSeq enables the massively parallel identification of presence/absence variations and sequence polymorphisms in key pathogen genes, which is a prerequisite for the efficient deployment of host resistance genes. PenSeq represents a cost‐effective alternative to whole‐genome sequencing and addresses crucial limitations of current plant pathogen population studies, which are often based on selectively neutral markers and consequently have limited utility in the analysis of adaptive evolution. The approach can be adapted to diverse microbes and pathogens. See also the Commentary on this article by Kale, 221: 1177–1179.
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DOI：
10.1007/s00122-018-3078-6
发表时间：
2018-06
期刊：
TAG. Theoretical and applied genetics. Theoretische und angewandte Genetik
影响因子：
--
作者：
Chen X;Lewandowska D;Armstrong MR;Baker K;Lim TY;Bayer M;Harrower B;McLean K;Jupe F;Witek K;Lees AK;Jones JD;Bryan GJ;Hein I
通讯作者：
Hein I
影响因子：
16.6
作者：
Boevink PC;Wang X;McLellan H;He Q;Naqvi S;Armstrong MR;Zhang W;Hein I;Gilroy EM;Tian Z;Birch PRJ
通讯作者：
Birch PRJ
影响因子：
3
作者：
Cronn, Richard;Knaus, Brian J.;Udall, Joshua
通讯作者：
Udall, Joshua
影响因子：
2
作者：
Gruenwald, Niklaus J.
通讯作者：
Gruenwald, Niklaus J.
影响因子：
4.5
作者：
Fry, W. E.;McGrath, M. T.;Smart, C. D.
通讯作者：
Smart, C. D.