The Arabidopsis Information Resource (TAIR): improved gene annotation and new tools.
The Arabidopsis Information Resource (TAIR): improved gene annotation and new tools.
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DOI：
10.1093/nar/gkr1090
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发表时间：
2012-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Huala E
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lamesch P;Berardini TZ;Li D;Swarbreck D;Wilks C;Sasidharan R;Muller R;Dreher K;Alexander DL;Garcia-Hernandez M;Karthikeyan AS;Lee CH;Nelson WD;Ploetz L;Singh S;Wensel A;Huala E
拟南芥信息资源（TAIR，http://arabidopsis.org）是拟南芥的基因组数据库，拟南芥是生物学许多基本方面以及基础和应用植物生物学研究的重要参考生物。TAIR是拟南芥数据的中心接入点，使用受控词汇术语注释基因功能和表达模式，并维护和更新A。拟南芥基因组组装和注释。TAIR还为研究人员提供了一套广泛的可视化和分析工具。最近的发展包括几个新的基因组版本（TAIR8，TAIR9和TAIR10），其中A。更新了thaliana的装配，重新注释了假基因和转座子基因，并将来自蛋白质组学和下一代转录组测序的新数据纳入基因模型和剪接变体。其他亮点包括基因组功能注释方面的进展，以及几种新工具的发布，包括拟南芥的文本检索，它提供了对大量研究文献进行全文检索的能力。
The Arabidopsis Information Resource (TAIR, http://arabidopsis.org) is a genome database for Arabidopsis thaliana, an important reference organism for many fundamental aspects of biology as well as basic and applied plant biology research. TAIR serves as a central access point for Arabidopsis data, annotates gene function and expression patterns using controlled vocabulary terms, and maintains and updates the A. thaliana genome assembly and annotation. TAIR also provides researchers with an extensive set of visualization and analysis tools. Recent developments include several new genome releases (TAIR8, TAIR9 and TAIR10) in which the A. thaliana assembly was updated, pseudogenes and transposon genes were re-annotated, and new data from proteomics and next generation transcriptome sequencing were incorporated into gene models and splice variants. Other highlights include progress on functional annotation of the genome and the release of several new tools including Textpresso for Arabidopsis which provides the capability to carry out full text searches on a large body of research literature.
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影响因子：
5.4
作者：
Haas BJ;Wortman JR;Ronning CM;Hannick LI;Smith RK Jr;Maiti R;Chan AP;Yu C;Farzad M;Wu D;White O;Town CD
通讯作者：
Town CD
影响因子：
4.3
作者：
Reference Genome Group of the Gene Ontology Consortium
通讯作者：
Reference Genome Group of the Gene Ontology Consortium
影响因子：
7
作者：
Hanada, Kousuke;Zhang, Xu;Shiu, Shin-Han
通讯作者：
Shiu, Shin-Han
影响因子：
4.4
作者：
Buisine, Nicolas;Quesneville, Hadi;Colot, Vincent
通讯作者：
Colot, Vincent
影响因子：
7.2
作者：
Koornneef, Maarten;Meinke, David
通讯作者：
Meinke, David