JSpeciesWS: a web server for prokaryotic species circumscription based on pairwise genome comparison.
JSpeciesWS: a web server for prokaryotic species circumscription based on pairwise genome comparison.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btv681
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发表时间：
2016-03-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Peplies J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Richter M;Rosselló-Móra R;Oliver Glöckner F;Peplies J
总结：JSpecies Web Server（JSpeciesWS）是一个用户友好的在线服务，用于通过计算机计算两个基因组之间的同一性程度，这是多相微生物物种限制过程中经常使用的参数。该服务基于BLAST+（ANIb）和MUMmer（ANIm）测量平均核苷酸同一性（ANI），以及四核苷酸签名（Tetra）的相关指数。此外，它还提供了Tetra Correlation Search功能，可以将选定的基因组与不断更新的参考数据库进行快速比较，该数据库目前拥有约32，000个已发布的完整和草图基因组序列。为了进行比较，可以上传自己的基因组，并可以从JSpeciesWS参考数据库中选择参考。该服务表明两个基因组是否共享高于或低于物种包含阈值的基因组身份，并作为一种快速方式在迄今已测序物种的框架中分配未知基因组。 可用性和实现：JSpeciesWS可从http://jspecies.ribohost.com/jspeciesws获得。 补充信息：补充数据可在Bioinformatics在线获得。 联系方式：mrichter@ribocon.com
Summary: JSpecies Web Server (JSpeciesWS) is a user-friendly online service for in silico calculating the extent of identity between two genomes, a parameter routinely used in the process of polyphasic microbial species circumscription. The service measures the average nucleotide identity (ANI) based on BLAST+ (ANIb) and MUMmer (ANIm), as well as correlation indexes of tetra-nucleotide signatures (Tetra). In addition, it provides a Tetra Correlation Search function, which allows to rapidly compare selected genomes against a continuously updated reference database with currently about 32 000 published whole and draft genome sequences. For comparison, own genomes can be uploaded and references can be selected from the JSpeciesWS reference database. The service indicates whether two genomes share genomic identities above or below the species embracing thresholds, and serves as a fast way to allocate unknown genomes in the frame of the hitherto sequenced species. Availability and implementation: JSpeciesWS is available at http://jspecies.ribohost.com/jspeciesws. Supplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics online. Contact: mrichter@ribocon.com
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影响因子：
3
作者：
Meier-Kolthoff JP;Auch AF;Klenk HP;Göker M
通讯作者：
Göker M
影响因子：
3
作者：
Camacho C;Coulouris G;Avagyan V;Ma N;Papadopoulos J;Bealer K;Madden TL
通讯作者：
Madden TL
DOI：
10.1073/pnas.0906412106
发表时间：
2009-11-10
影响因子：
11.1
作者：
Richter, Michael;Rossello-Mora, Ramon
通讯作者：
Rossello-Mora, Ramon
影响因子：
4.4
作者：
Lugli, Gabriele Andrea;Milani, Christian;Ventura, Marco
通讯作者：
Ventura, Marco
影响因子：
14.9
作者：
Altschul, SF;Madden, TL;Lipman, DJ
通讯作者：
Lipman, DJ