Evaluating descriptors for the lateral translocation of membrane proteins
Evaluating descriptors for the lateral translocation of membrane proteins
复制标题
评估膜蛋白横向易位的描述符
DOI：
10.1109/iembs.2011.6091627
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发表时间：
2011
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Berlage T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Domanova O;Borbe S;Mühlfeld S;Becker M;Kubitz R;Häussinger D;Berlage T
通过分析与疾病状态相关的蛋白质模式，组织切片的显微图像被用于诊断和监测治疗。蛋白质的空间分布受不同膜室之间的蛋白质转运的影响，并通过生物样品的显微图像比较来定量。胆汁淤积性肝病的特征是转运蛋白的移位，而对其移位的量化为诊断提供了新的选择。然而，缺乏可靠和公正的工具。目前使用的人工方法速度慢、主观性强、容易出错。我们开发了一种新的基于自动图像分析的工作流，并通过引入用于易位量化的无尺度描述符来对其进行改进。这种快速、无偏的方法可以替代人工分析，并且建议的描述子比以前使用的统计方差表现得更好。
Microscopic images of tissue sections are used for diagnosis and monitoring of therapy, by analysis of protein patterns correlating to disease states. Spatial protein distribution is influenced by protein translocation between different membrane compartments and quantified by comparison of microscopic images of biological samples. Cholestatic liver diseases are characterized by translocation of transport proteins, and quantification of their dislocation offers new diagnostic options. However, reliable and unbiased tools are lacking. The nowadays used manual method is slow, subjective and error-prone. We have developed a new workflow based on automated image analysis and improved it by the introduction of scale-free descriptors for the translocation quantification. This fast and unbiased method can substitute the manual analysis, and the suggested descriptors perform better than the earlier used statistical variance.
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