Implicit Solvent Models and the Energy Landscape for Aggregation of the Amyloidogenic KFFE Peptide.
Implicit Solvent Models and the Energy Landscape for Aggregation of the Amyloidogenic KFFE Peptide.
复制标题
淀粉样蛋白 KFFE 肽聚集的隐式溶剂模型和能量景观。
DOI：
10.1021/ct700305w
复制
发表时间：
2008
影响因子：
5.5
通讯作者：
Strodel B
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Strodel B
本研究比较了四种隐式溶剂模型在描述肽聚集方面的性能。溶剂模型是有效能量函数-1（EEF 1）和三种广义玻恩（GB）模型：一种是遵循Still（GB 1）的原始实现，一种是分析连续静电（ACE）势，一种是具有“简单开关”（GBSW）的GB。对于每种溶剂模型，研究了KFFE肽聚集的第一步，即二聚化，KFFE肽是已知在体外形成淀粉样蛋白原纤维的最短肽之一。使用全局优化和副本交换分子动力学模拟的盆跳跃，我们得出结论，考虑的四种溶剂模型，EEF 1电位提供了最可靠的描述KFFE淀粉样蛋白前体的形成。它产生的结果最接近于溶液中KFFE肽的部分β链构象的实验发现，沿着形成显示反平行β链结构的原纤维。ACE和GB 1电位也显示出KFFE肽的显著β-倾向，但不能产生稳定的KFFE二聚体。另一方面，GBSW势支持一个非常稳定的反平行二聚体结构，但不是β构象。
This study compares the performance of four implicit solvent models in describing peptide aggregation. The solvent models are the effective energy function-1 (EEF1) and three generalized Born (GB) models: one following the original implementation of Still (GB1), the analytical continuum electrostatics (ACE) potential, and GB with “simple switching” (GBSW). For each solvent model the first step of aggregation, namely dimerization, is investigated for the KFFE peptide, which is one of the shortest peptides known to form amyloid fibrils in vitro. Using basin-hopping for global optimization and replica exchange molecular dynamics simulations, we conclude that of the four solvent models considered, the EEF1 potential provides the most reliable description for the formation of KFFE amyloid precursors. It produces results that are closest to the experimental findings of a partial β-strand conformation for the KFFE peptide in solution along with the formation of fibrils exhibiting antiparallel β-strand structure. The ACE and GB1 potentials also show a significant β-propensity for the KFFE peptide but fail to produce stable KFFE dimers. The GBSW potential, on the other hand, supports a very stable antiparallel dimer structure, but in a turn rather than a β conformation.
登录
查看更多内容
模型聚丙氨酸的能量景观
DOI：
--
发表时间：
2002
期刊：
影响因子：
--
作者：
Paul N. Mortenson;David A. Evans;D. Wales
通讯作者：
D. Wales
影响因子：
4.4
作者：
Miller, MA;Wales, DJ
通讯作者：
Wales, DJ
影响因子：
3.3
作者：
Chen, Jianhan;Brooks, Charles L., III
通讯作者：
Brooks, Charles L., III
模拟蛋白质-表面相互作用的隐式溶剂模型的比较
影响因子：
3
作者：
Yu Sun;R. Latour
通讯作者：
R. Latour
DOI：
10.1021/jp066284c
发表时间：
2007-02
期刊：
The journal of physical chemistry. B
影响因子：
--
作者：
Harianto Tjong;Huan‐Xiang Zhou
通讯作者：
Harianto Tjong;Huan‐Xiang Zhou