A comparative study of S/MAR prediction tools.
A comparative study of S/MAR prediction tools.
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DOI：
10.1186/1471-2105-8-71
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发表时间：
2007-03-02
影响因子：
3
通讯作者：
Wernisch L
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Evans K;Ott S;Hansen A;Koentges G;Wernisch L
S/MAR是附着在核基质上的DNA区域。已知这些区域实质上影响基因的表达。S/MAR的计算机预测是一项非常重要的任务，它有助于我们了解真核细胞中染色质的组织，边界元件的数量和分布，以及真核细胞中基因调控的理解。然而，虽然已经提出了一些S/MAR预测，其准确性迄今尚未受到审查。我们已经选择了S/MAR与足够的实验证据，并使用这些来评估现有的方法S/MAR预测。我们的主要结果是：1.）所有现有的方法几乎没有预测能力，2.）基于AT百分比的简单规则通常与其他方法竞争，3.）实际上，不同的方法通常将不同的子序列识别为S/MAR，4）。对H规则进行更多的研究将是有价值的。需要一种新的见解来设计一种方法，将预测S/MAR。我们的数据，包括对照数据，已经作为额外的材料存放，这可能有助于以后的研究人员测试新的预测因子。
S/MARs are regions of the DNA that are attached to the nuclear matrix. These regions are known to affect substantially the expression of genes. The computer prediction of S/MARs is a highly significant task which could contribute to our understanding of chromatin organisation in eukaryotic cells, the number and distribution of boundary elements, and the understanding of gene regulation in eukaryotic cells. However, while a number of S/MAR predictors have been proposed, their accuracy has so far not come under scrutiny. We have selected S/MARs with sufficient experimental evidence and used these to evaluate existing methods of S/MAR prediction. Our main results are: 1.) all existing methods have little predictive power, 2.) a simple rule based on AT-percentage is generally competitive with other methods, 3.) in practice, the different methods will usually identify different sub-sequences as S/MARs, 4.) more research on the H-Rule would be valuable. A new insight is needed to design a method which will predict S/MARs well. Our data, including the control data, has been deposited as additional material and this may help later researchers test new predictors.
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