An Overlooked Paleotetraploidization in Cucurbitaceae.
An Overlooked Paleotetraploidization in Cucurbitaceae.
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葫芦科被忽视的古四倍体化
DOI：
10.1093/molbev/msx242
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发表时间：
2018-01-01
影响因子：
10.7
通讯作者：
Wang X
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wang J;Sun P;Li Y;Liu Y;Yang N;Yu J;Ma X;Sun S;Xia R;Liu X;Ge D;Luo S;Liu Y;Kong Y;Cui X;Lei T;Wang L;Wang Z;Ge W;Zhang L;Song X;Yuan M;Guo D;Jin D;Chen W;Pan Y;Liu T;Yang G;Xiao Y;Sun J;Zhang C;Li Z;Xu H;Duan X;Shen S;Zhang Z;Huang S;Wang X
葫芦科植物具有相当大的生物学和经济重要性，黄瓜、西瓜和甜瓜的基因组已被测序。然而，还没有对其基因组结构和进化进行比较基因组学探索。在这里，我们的目标是对递归古多倍化产生的基因组同源性进行分层推断。出乎意料的是，我们发现，在核心真双子叶植物常见六倍体化后不久，出现了葫芦科常见四倍体化（CCT），这一点被之前的报道所忽视。此外，我们还描述了这些事件后的基因丢失（和保留），这些事件在推断的亚基因组之间以及分裂后的植物之间显着不平衡。显性亚基因组和敏感亚基因组的推断表明 CCT 具有异源四倍体性质。此外，我们发现葫芦科植物之间的进化速率存在差异，经过速率校正后，我们确定CCT为90-102Ma，这可能是所有葫芦科植物所共有的，显示了其在植物家族建立中的重要作用。
Cucurbitaceae plants are of considerable biological and economic importance, and genomes of cucumber, watermelon, and melon have been sequenced. However, a comparative genomics exploration of their genome structures and evolution has not been available. Here, we aimed at performing a hierarchical inference of genomic homology resulted from recursive paleopolyploidizations. Unexpectedly, we found that, shortly after a core-eudicot-common hexaploidy, a cucurbit-common tetraploidization (CCT) occurred, overlooked by previous reports. Moreover, we characterized gene loss (and retention) after these respective events, which were significantly unbalanced between inferred subgenomes, and between plants after their split. The inference of a dominant subgenome and a sensitive one suggested an allotetraploid nature of the CCT. Besides, we found divergent evolutionary rates among cucurbits, and after doing rate correction, we dated the CCT to be 90–102 Ma, likely common to all Cucurbitaceae plants, showing its important role in the establishment of the plant family.
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影响因子：
4
作者：
Soltis, Pamela S.;Marchant, D. Blaine;Soltis, Douglas E.
通讯作者：
Soltis, Douglas E.
DOI：
10.1073/pnas.0501102102
发表时间：
2005-04-12
影响因子：
11.1
作者：
Maere, S;De Bodt, S;Van de Peer, Y
通讯作者：
Van de Peer, Y
影响因子：
64.8
作者：
Jaillon, Olivier;Aury, Jean-Marc;Wincker, Patrick
通讯作者：
Wincker, Patrick
影响因子：
20.5
作者：
Chen, Z. Jeffrey
通讯作者：
Chen, Z. Jeffrey
影响因子：
3
作者：
Wang X;Shi X;Li Z;Zhu Q;Kong L;Tang W;Ge S;Luo J
通讯作者：
Luo J