SIGMA2: a system for the integrative genomic multi-dimensional analysis of cancer genomes, epigenomes, and transcriptomes.
SIGMA2: a system for the integrative genomic multi-dimensional analysis of cancer genomes, epigenomes, and transcriptomes.
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SIGMA2：癌症基因组，表观基因组和转录组综合基因组多维分析的系统。
DOI：
10.1186/1471-2105-9-422
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发表时间：
2008-10-07
影响因子：
3
通讯作者：
Lam, Wan L.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chari, Raj;Coe, Bradley P.;Wedseltoft, Craig;Benetti, Marie;Wilson, Ian M.;Vucic, Emily A.;MacAulay, Calum;Ng, Raymond T.;Lam, Wan L.
高通量微阵列技术能够以前所未有的分辨率研究基因组、表观基因组和转录组。然而，用于处理、分析和可视化来自这些多个组学学科的数据的软件包尚未得到充分开发。在这里，我们推出了 SIGMA2，一个用于癌症基因组、表观基因组和转录组的综合基因组多维分析的系统。多维数据集可以同时对每个维度进行可视化和分析，从而允许对属于不同“组学”的不同分析进行组合整合。可以协同进行多个水平改变的基因的鉴定，例如拷贝数、杂合性丢失（LOH）、DNA甲基化以及基因表达的相应变化的检测，从而使SIGMA2成为促进癌症高通量系统生物学分析的新工具。
High throughput microarray technologies have afforded the investigation of genomes, epigenomes, and transcriptomes at unprecedented resolution. However, software packages to handle, analyze, and visualize data from these multiple 'omics disciplines have not been adequately developed. Here, we present SIGMA2, a system for the integrative genomic multi-dimensional analysis of cancer genomes, epigenomes, and transcriptomes. Multi-dimensional datasets can be simultaneously visualized and analyzed with respect to each dimension, allowing combinatorial integration of the different assays belonging to the different 'omics. The identification of genes altered at multiple levels such as copy number, loss of heterozygosity (LOH), DNA methylation and the detection of consequential changes in gene expression can be concertedly performed, establishing SIGMA2 as a novel tool to facilitate the high throughput systems biology analysis of cancer.
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影响因子：
8.8
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
50.3
作者：
Neve, Richard M.;Chin, Koei;Gray, Joe W.
通讯作者：
Gray, Joe W.
影响因子：
7
作者：
Khulan, Batbayar;Thompson, Reid F.;Greally, John M.
通讯作者：
Greally, John M.
DOI：
10.1186/bcr1604
发表时间：
2006
期刊：
Breast cancer research : BCR
影响因子：
--
作者：
Grigoriadis A;Mackay A;Reis-Filho JS;Steele D;Iseli C;Stevenson BJ;Jongeneel CV;Valgeirsson H;Fenwick K;Iravani M;Leao M;Simpson AJ;Strausberg RL;Jat PS;Ashworth A;Neville AM;O'Hare MJ
通讯作者：
O'Hare MJ
影响因子：
4.4
作者：
Chari R;Lockwood WW;Coe BP;Chu A;Macey D;Thomson A;Davies JJ;MacAulay C;Lam WL
通讯作者：
Lam WL