IslandViewer update: Improved genomic island discovery and visualization.
IslandViewer update: Improved genomic island discovery and visualization.
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DOI：
10.1093/nar/gkt394
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发表时间：
2013-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Brinkman FS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Dhillon BK;Chiu TA;Laird MR;Langille MG;Brinkman FS
IslandViewer（http：//pathogenomics.sfu.ca/islandviewer）是一个可通过网络访问的应用程序，用于计算预测和分析细菌和古细菌基因组中的基因组岛（GI）。地理标志是可能的水平起源的基因簇，由于它们不成比例地编码毒力因子和其他医学，环境和工业利益的适应性，因此受到高度关注。目前有许多计算工具可用于预测地理信息，但其中三种最准确的方法可以通过IslandViewer以集成形式提供：IslandPath-DIMOB，SIGI-HMM和IslandPick。IslandViewer GI预测是为国家生物技术信息中心的所有完整微生物基因组预先计算的，可以选择上传其他基因组和/或使用不同的设置进行定制分析。在这里，我们报告了IslandViewer框架的最新变化，这些变化极大地提高了处理越来越多用户的效率，并更好地促进了自定义基因组分析。用户现在还可以在当前GI预测的基础上叠加其他注释，如毒力因子，抗生素抗性基因和病原体相关基因。用户选择的基因组之间的地理标志的比较，现在通过一个高度要求的并排查看器促进。IslandViewer的改进旨在提供一个更灵活的界面，加上额外的高度相关的注释信息，以帮助分析不同微生物物种中的地理标志。
IslandViewer (http://pathogenomics.sfu.ca/islandviewer) is a web-accessible application for the computational prediction and analysis of genomic islands (GIs) in bacterial and archaeal genomes. GIs are clusters of genes of probable horizontal origin and are of high interest because they disproportionately encode virulence factors and other adaptations of medical, environmental and industrial interest. Many computational tools exist for the prediction of GIs, but three of the most accurate methods are available in integrated form via IslandViewer: IslandPath-DIMOB, SIGI-HMM and IslandPick. IslandViewer GI predictions are precomputed for all complete microbial genomes from National Center for Biotechnology Information, with an option to upload other genomes and/or perform customized analyses using different settings. Here, we report recent changes to the IslandViewer framework that have vastly improved its efficiency in handling an increasing number of users, plus better facilitate custom genome analyses. Users may also now overlay additional annotations such as virulence factors, antibiotic resistance genes and pathogen-associated genes on top of current GI predictions. Comparisons of GIs between user-selected genomes are now facilitated through a highly requested side-by-side viewer. IslandViewer improvements aim to provide a more flexible interface, coupled with additional highly relevant annotation information, to aid analysis of GIs in diverse microbial species.
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