The Reactome Pathway Knowledgebase.
The Reactome Pathway Knowledgebase.
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DOI：
10.1093/nar/gkx1132
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发表时间：
2018-01-04
影响因子：
14.9
通讯作者：
D'Eustachio P
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Fabregat A;Jupe S;Matthews L;Sidiropoulos K;Gillespie M;Garapati P;Haw R;Jassal B;Korninger F;May B;Milacic M;Roca CD;Rothfels K;Sevilla C;Shamovsky V;Shorser S;Varusai T;Viteri G;Weiser J;Wu G;Stein L;Hermjakob H;D'Eustachio P
Reactome知识库（https://reactome.org）提供信号转导、转运、DNA复制、代谢和其他细胞过程的分子细节，作为分子转化的有序网络——经典代谢图的扩展版本，在一个单一的一致的数据模型中。Reactome既可以作为生物过程的档案，也可以作为发现肿瘤细胞基因表达谱或体细胞突变目录等数据中意想不到的功能关系的工具。为了支持Reactome的规模和复杂性的持续快速增长，我们实现了一个图形数据库，改进了数据分析工具的性能，并设计了新的数据结构和策略来提高图表查看器的性能。为了使我们的网站更容易被人类用户使用，我们在一个简化和重组的网站中，采用自适应设计，采用互动式增强高级图（ehds），并附有相关的图标库，以及子路径的高亮和缩放，从而改善了路径的显示和导航。为鼓励重用我们的内容，我们已启用将路径图导出为“PowerPoint”文件。
The Reactome Knowledgebase (https://reactome.org) provides molecular details of signal transduction, transport, DNA replication, metabolism, and other cellular processes as an ordered network of molecular transformations—an extended version of a classic metabolic map, in a single consistent data model. Reactome functions both as an archive of biological processes and as a tool for discovering unexpected functional relationships in data such as gene expression profiles or somatic mutation catalogues from tumor cells. To support the continued brisk growth in the size and complexity of Reactome, we have implemented a graph database, improved performance of data analysis tools, and designed new data structures and strategies to boost diagram viewer performance. To make our website more accessible to human users, we have improved pathway display and navigation by implementing interactive Enhanced High Level Diagrams (EHLDs) with an associated icon library, and subpathway highlighting and zooming, in a simplified and reorganized web site with adaptive design. To encourage re-use of our content, we have enabled export of pathway diagrams as ‘PowerPoint’ files.
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影响因子：
14.9
作者：
Caspi R;Billington R;Ferrer L;Foerster H;Fulcher CA;Keseler IM;Kothari A;Krummenacker M;Latendresse M;Mueller LA;Ong Q;Paley S;Subhraveti P;Weaver DS;Karp PD
通讯作者：
Karp PD
影响因子：
14.9
作者：
Huang, Da Wei;Sherman, Brad T.;Lempicki, Richard A.
通讯作者：
Lempicki, Richard A.
影响因子：
14.9
作者：
Mi H;Huang X;Muruganujan A;Tang H;Mills C;Kang D;Thomas PD
通讯作者：
Thomas PD
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作者：
Draghici, S;Khatri, P;Krawetz, SA
通讯作者：
Krawetz, SA
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作者：
Le Novere, Nicolas;Hucka, Michael;Kitano, Hiroaki
通讯作者：
Kitano, Hiroaki