Mass Spectrometry Adduct Calculator.
Mass Spectrometry Adduct Calculator.
复制标题
质谱加合物计算器。
DOI：
10.1021/acs.jcim.1c00579
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发表时间：
2021-12-27
影响因子：
5.6
通讯作者：
Metz, Thomas O.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Blumer, Madison R.;Chang, Christine H.;Brayfindley, Evangelina;Nunez, Jamie R.;Colby, Sean M.;Renslow, Ryan S.;Metz, Thomas O.
我们描述了质谱加合物计算器（MSAC），这是一种用于计算母体分子加合离子质量的自动Python工具。在此，加合物是指母体分子[M]的一种形式，其由于原子和电子的添加或损失而带电，从而产生带电离子，例如[M + H]+。MSAC包括147种潜在加合物和加合物/中性损失组合及其质荷比（m/z）的数据库，提取自NIST/EPA/NIH质谱库（NIST 17）、全球天然产物社会分子网络公共谱库（GNPS）和北美质谱库（莫纳）。计算器依赖于用户选择的组合数据库的子集来计算作为公式提供的分子加合物的预期m/z。该工具旨在帮助研究人员创建识别库，以收集质谱数据中分子存在的证据。虽然包含的加合物数据库侧重于液相色谱-质谱分析过程中通常检测到的加合物，但用户可以提供自己的加合物和电荷状态列表，以计算预期的m/z。我们还分析了三个选定的质谱库中包含的光谱加合物的统计数据。MSAC可在https://github.com/pnnl/MSAC上免费获得。
We describe the Mass Spectrometry Adduct Calculator (MSAC), an automated Python tool to calculate the adduct ion masses of a parent molecule. Here, adduct refers to a version of a parent molecule [M] that is charged due to addition or loss of atoms and electrons resulting in a charged ion, for example, [M + H]+. MSAC includes a database of 147 potential adducts and adduct/neutral loss combinations and their mass-to-charge ratios (m/z) as extracted from the NIST/EPA/NIH Mass Spectral Library (NIST17), Global Natural Products Social Molecular Networking Public Spectral Libraries (GNPS), and MassBank of North America (MoNA). The calculator relies on user-selected subsets of the combined database to calculate expected m/z for adducts of molecules supplied as formulas. This tool is intended to help researchers create identification libraries to collect evidence for the presence of molecules in mass spectrometry data. While the included adduct database focuses on adducts typically detected during liquid chromatography–mass spectrometry analyses, users may supply their own lists of adducts and charge states for calculating expected m/z. We also analyzed statistics on adducts from spectra contained in the three selected mass spectral libraries. MSAC is freely available at https://github.com/pnnl/MSAC.
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影响因子：
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作者：
Harris CR;Millman KJ;van der Walt SJ;Gommers R;Virtanen P;Cournapeau D;Wieser E;Taylor J;Berg S;Smith NJ;Kern R;Picus M;Hoyer S;van Kerkwijk MH;Brett M;Haldane A;Del Río JF;Wiebe M;Peterson P;Gérard-Marchant P;Sheppard K;Reddy T;Weckesser W;Abbasi H;Gohlke C;Oliphant TE
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