Genomic signatures of convergent shifts to plunge-diving behavior in birds.
Genomic signatures of convergent shifts to plunge-diving behavior in birds.
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DOI：
10.1038/s42003-023-05359-z
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发表时间：
2023-10-24
影响因子：
5.9
通讯作者：
Hackett, Shannon J.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Eliason, Chad M.;Mellenthin, Lauren E.;Hains, Taylor;Mccullough, Jenna M.;Pirro, Stacy;Andersen, Michael J.;Hackett, Shannon J.
在广泛的系统发育尺度上理解趋同的遗传基础仍然是生物学的一个关键挑战。翠鸟（鸟类：翠鸟科）是一种世界性的鸟类辐射，具有不同的颜色，饮食和喂养行为-包括典型的跳入水中。考虑到与空气-水转换相关的感觉和运动挑战，翠鸟为探索趋同行为对基因组和表型进化的影响以及大陆和岛屿谱系之间的直接比较提供了一个强有力的机会。在这里，我们使用30种不同翠鸟物种的全基因组测序来确定与趋同摄食行为相关的基因组特征。我们表明，范围较小的物种（即岛屿上的物种）比大陆上的物种经历了更强的人口波动，这些差异影响了分子进化的动态。比较基因组分析揭示了潜水者大脑和饮食基因的正选择和基因组趋同。这些发现增强了我们对不同鸟类辐射中基因型和表型之间联系的理解。一项对30种不同翠鸟物种的分析发现了与它们趋同的摄食行为（包括跳水）相关的基因组特征。
Understanding the genetic basis of convergence at broad phylogenetic scales remains a key challenge in biology. Kingfishers (Aves: Alcedinidae) are a cosmopolitan avian radiation with diverse colors, diets, and feeding behaviors—including the archetypal plunge-dive into water. Given the sensory and locomotor challenges associated with air-water transitions, kingfishers offer a powerful opportunity to explore the effects of convergent behaviors on the evolution of genomes and phenotypes, as well as direct comparisons between continental and island lineages. Here, we use whole-genome sequencing of 30 diverse kingfisher species to identify the genomic signatures associated with convergent feeding behaviors. We show that species with smaller ranges (i.e., on islands) have experienced stronger demographic fluctuations than those on continents, and that these differences have influenced the dynamics of molecular evolution. Comparative genomic analyses reveal positive selection and genomic convergence in brain and dietary genes in plunge-divers. These findings enhance our understanding of the connections between genotype and phenotype in a diverse avian radiation. An analysis of 30 diverse kingfisher species identifies genomic signatures associated with their convergent feeding behaviors, including plunge-diving.
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影响因子：
2.9
作者：
Eliason, Chad M.;McCullough, Jenna M.;Hackett, Shannon J.
通讯作者：
Hackett, Shannon J.
DOI：
10.1073/pnas.94.8.3817
发表时间：
1997-04-15
影响因子：
11.1
作者：
Chen, LB;DeVries, AL;Cheng, CHC
通讯作者：
Cheng, CHC
加拉帕戈斯菌神丧失飞行的演变的遗传标志。
DOI：
10.1126/science.aal3345
发表时间：
2017-06-02
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Burga A;Wang W;Ben-David E;Wolf PC;Ramey AM;Verdugo C;Lyons K;Parker PG;Kruglyak L
通讯作者：
Kruglyak L
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp348
发表时间：
2009-08-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Capella-Gutiérrez S;Silla-Martínez JM;Gabaldón T
通讯作者：
Gabaldón T
DOI：
10.1093/g3journal/jkac260
发表时间：
2022-11-04
期刊：
G3 (Bethesda, Md.)
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--