A tandem simulation framework for predicting mapping quality.
A tandem simulation framework for predicting mapping quality.
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DOI：
10.1186/s13059-017-1290-3
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发表时间：
2017-08-10
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Langmead B
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Langmead B
读取是大多数测序数据分析的第一步，因为读取的原点可能是模棱两可的，因此，对准器报告了映射质量，这是报告的一致性不正确的概率。为了计算映射质量，我描述了通过模拟一组串联读取的绘制质量的框架。来源是i以一种名为QTIP的精确而低空的工具实现此方法，该工具与流行的对准器兼容。
本文的在线版本（DOI：10.1186/S13059-017-1290-3）包含补充材料，可供授权用户使用。
Read alignment is the first step in most sequencing data analyses. Because a read’s point of origin can be ambiguous, aligners report a mapping quality, which is the probability that the reported alignment is incorrect. Despite its importance, there is no established and general method for calculating mapping quality. I describe a framework for predicting mapping qualities that works by simulating a set of tandem reads. These are like the input reads in important ways, but the true point of origin is known. I implement this method in an accurate and low-overhead tool called Qtip, which is compatible with popular aligners. The online version of this article (doi:10.1186/s13059-017-1290-3) contains supplementary material, which is available to authorized users.
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2011-11-29
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--
作者：
通讯作者：
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