iFORM: Incorporating Find Occurrence of Regulatory Motifs.
iFORM: Incorporating Find Occurrence of Regulatory Motifs.
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iFORM：结合查找监管主题的出现。
DOI：
10.1371/journal.pone.0168607
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发表时间：
2016
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Shu W
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ren C;Chen H;Yang B;Liu F;Ouyang Z;Bo X;Shu W
准确识别转录因子（TF）的结合位点对于理解转录调控和人类疾病的机制至关重要。我们提出将发现发生的监管基序（iFORM），一个易于使用和有效的工具，用于扫描DNA序列与TF基序描述为位置权重矩阵（PWMs）。两个性能评估与受试者工作特征（ROC）曲线和相关性为基础的方法表明，iFORM实现更高的准确性和灵敏度，通过整合五个经典的基序发现程序，使用Fisher的组合概率检验。我们已经使用iFORM在ENCODE项目和NIH Roadmap表观基因组学项目中提供了各种数据的准确结果，并且该工具已经证明了其在进一步阐明功能元件的个体作用方面的实用性。iFORM的源代码和二进制代码都可以在https://github.com/wenjiegroup/iFORM上免费访问。使用iFORM鉴定的跨人细胞和组织类型的TF结合位点已经以登录ID GSE 53962保藏在Gene Expression Omnibus中。
Accurately identifying the binding sites of transcription factors (TFs) is crucial to understanding the mechanisms of transcriptional regulation and human disease. We present incorporating Find Occurrence of Regulatory Motifs (iFORM), an easy-to-use and efficient tool for scanning DNA sequences with TF motifs described as position weight matrices (PWMs). Both performance assessment with a receiver operating characteristic (ROC) curve and a correlation-based approach demonstrated that iFORM achieves higher accuracy and sensitivity by integrating five classical motif discovery programs using Fisher’s combined probability test. We have used iFORM to provide accurate results on a variety of data in the ENCODE Project and the NIH Roadmap Epigenomics Project, and the tool has demonstrated its utility in further elucidating individual roles of functional elements. Both the source and binary codes for iFORM can be freely accessed at https://github.com/wenjiegroup/iFORM. The identified TF binding sites across human cell and tissue types using iFORM have been deposited in the Gene Expression Omnibus under the accession ID GSE53962.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btr064
发表时间：
2011-04-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Grant CE;Bailey TL;Noble WS
通讯作者：
Noble WS
人类基因组中热点区域的全基因组识别和表征。
影响因子：
4.4
作者：
Li H;Liu F;Ren C;Bo X;Shu W
通讯作者：
Shu W
DOI：
10.1111/1467-9868.00346
发表时间：
2002-01-01
影响因子：
5.8
作者：
Storey, JD
通讯作者：
Storey, JD
影响因子：
46.9
作者：
Tompa, M;Li, N;Zhu, Z
通讯作者：
Zhu, Z
结合位点转换导致密切相关的果蝇物种之间的转录因子结合发生普遍的数量变化。
影响因子：
9.8
作者：
Bradley RK;Li XY;Trapnell C;Davidson S;Pachter L;Chu HC;Tonkin LA;Biggin MD;Eisen MB
通讯作者：
Eisen MB