The Development of a CRISPR-FnCpf1 System for Large-Fragment Deletion and Multiplex Gene Editing in Acinetobacter baumannii.
The Development of a CRISPR-FnCpf1 System for Large-Fragment Deletion and Multiplex Gene Editing in Acinetobacter baumannii.
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鲍曼不动杆菌大片段缺失和多重基因编辑CRISPR-FnCpf1系统的建立
DOI：
10.3390/cimb46010037
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发表时间：
2024-01-05
影响因子：
3.1
通讯作者：
Wang, Yu
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wang, Shuai;Ding, Yue;Rong, Hua;Wang, Yu
鲍曼不动杆菌是一种低GC含量的革兰氏阴性机会致病菌，对全球公共卫生构成严重威胁。方便、快速的基因操作有利于阐明其致病机制和开发新的治疗方法。在这项研究中，我们报道了一种新的基于 CRISPR-FnCpf1 的双质粒系统，用于鲍曼不动杆菌的多功能和精确的基因组编辑。鉴定后，该新系统优先识别 5'-TTN-3'（N = A、T、C 或 G）和 5'-CTV-3'（V = A、C 或 G）原型间隔子相邻基序 (PAM) 序列，并利用长度范围为 19 至 25 nt 的间隔子。与现有的 CRISPR-Cas9 系统直接比较，它在鲍曼不动杆菌中的靶向范围约为四倍。此外，通过采用串联双crRNA表达盒，新系统可以进行大片段删除和同时多基因编辑，这是CRISPR-Cas9难以实现的。因此，新系统很有价值，可以极大地扩展鲍曼不动杆菌的基因组编辑工具箱。
Acinetobacter baumannii is a low-GC-content Gram-negative opportunistic pathogen that poses a serious global public health threat. Convenient and rapid genetic manipulation is beneficial for elucidating its pathogenic mechanisms and developing novel therapeutic methods. In this study, we report a new CRISPR-FnCpf1-based two-plasmid system for versatile and precise genome editing in A. baumannii. After identification, this new system prefers to recognize the 5′-TTN-3′ (N = A, T, C or G) and the 5′-CTV-3′ (V = A, C or G) protospacer-adjacent motif (PAM) sequence and utilize the spacer with lengths ranging from 19 to 25 nt. In direct comparison with the existing CRISPR-Cas9 system, it exhibits approximately four times the targetable range in A. baumannii. Moreover, by employing a tandem dual crRNA expression cassette, the new system can perform large-fragment deletion and simultaneous multiple gene editing, which is difficult to achieve via CRISPR-Cas9. Therefore, the new system is valuable and can greatly expand the genome editing toolbox of A. baumannii.
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