Mutations in emerging variant of concern lineages disrupt genomic sequencing of SARS-CoV-2 clinical specimens.
Mutations in emerging variant of concern lineages disrupt genomic sequencing of SARS-CoV-2 clinical specimens.
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DOI：
10.1016/j.ijid.2021.10.050
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发表时间：
2022-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Tyson JR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kuchinski KS;Nguyen J;Lee TD;Hickman R;Jassem AN;Hoang LMN;Prystajecky NA;Tyson JR
新出现的严重急性呼吸综合征冠状病毒 2 (SARS-CoV-2) 谱系的突变可能会干扰用于生成用于公共卫生监测的病毒基因组序列的实验室方法。我们确定了 20 个突变，这些突变在相关谱系变体中广泛存在，并影响 ARTIC 网络和 Freed 等人广泛使用的测序方案。在加拿大不列颠哥伦比亚省最近爆发的一次疫情中，其中三个突变扰乱了 P.1 谱系样本的测序。我们提供实验方案修改的实验室验证，以恢复测序性能。研究结果表明，基因组测序方案需要立即更新以应对新出现的突变。这项工作还表明，随着 SARS-CoV-2 的不断发展，常规监测和方案更新将是必要的。这里使用的生物信息学和实验室方法为这种检测维护提供了指导。
Mutations in emerging severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) lineages can interfere with laboratory methods used to generate viral genome sequences for public health surveillance. We identified 20 mutations that are widespread in variant of concern lineages and affect widely used sequencing protocols by the ARTIC network and Freed et al. Three of these mutations disrupted sequencing of P.1 lineage specimens during a recent outbreak in British Columbia, Canada. We provide laboratory validation of protocol modifications that restored sequencing performance. The study findings indicate that genomic sequencing protocols require immediate updating to address emerging mutations. This work also suggests that routine monitoring and protocol updates will be necessary as SARS-CoV-2 continues to evolve. The bioinformatic and laboratory approaches used here provide guidance for this kind of assay maintenance.
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影响因子：
8.8
作者：
Kuchinski, Kevin S.;Jassem, Agatha N.;Prystajecky, Natalie A.
通讯作者：
Prystajecky, Natalie A.
影响因子：
82.9
作者：
Tegally, Houriiyah;Wilkinson, Eduan;de Oliveira, Tulio
通讯作者：
de Oliveira, Tulio
影响因子：
3.6
作者：
Freed, Nikki E.;Vlkova, Marketa;Silander, Olin K.
通讯作者：
Silander, Olin K.
影响因子：
14.8
作者：
Quick, Joshua;Grubaugh, Nathan D.;Loman, Nicholas J.
通讯作者：
Loman, Nicholas J.
影响因子：
64.8
作者：
Tegally, Houriiyah;Wilkinson, Eduan;de Oliveira, Tulio
通讯作者：
de Oliveira, Tulio