OrthoClust: an orthology-based network framework for clustering data across multiple species.
OrthoClust: an orthology-based network framework for clustering data across multiple species.
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DOI：
10.1186/gb-2014-15-8-r100
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发表时间：
2014-08-28
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Gerstein M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yan KK;Wang D;Rozowsky J;Zheng H;Cheng C;Gerstein M
越来越多的高维基因组学数据正变得对许多生物可用。在这里，我们开发了OrthoClust，用于同时对多个物种的数据进行聚类。OrthoCluust是一个计算框架，它通过利用物种间基因的正向关系来整合单个物种的共同关联网络。它输出的优化模块基本上是跨物种的，既可以是保守的，也可以是物种特定的。我们使用modENCODE联盟的线虫和黑腹果蝇的RNA-Seq表达谱演示了OrthoCluust的应用。跨物种模块的一个潜在应用是基于内疚-关联推断未表征元件的假定类似功能，如非编码RNA。本文的在线版本(DOI：10.1186/GB-2014-15-8-R100)包含向授权用户提供的补充材料。
Increasingly, high-dimensional genomics data are becoming available for many organisms.Here, we develop OrthoClust for simultaneously clustering data across multiple species. OrthoClust is a computational framework that integrates the co-association networks of individual species by utilizing the orthology relationships of genes between species. It outputs optimized modules that are fundamentally cross-species, which can either be conserved or species-specific. We demonstrate the application of OrthoClust using the RNA-Seq expression profiles of Caenorhabditis elegans and Drosophila melanogaster from the modENCODE consortium. A potential application of cross-species modules is to infer putative analogous functions of uncharacterized elements like non-coding RNAs based on guilt-by-association. The online version of this article (doi:10.1186/gb-2014-15-8-r100) contains supplementary material, which is available to authorized users.
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