3USS: a web server for detecting alternative 3'UTRs from RNA-seq experiments.
3USS: a web server for detecting alternative 3'UTRs from RNA-seq experiments.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btv035
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发表时间：
2015-06-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Tramontano A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Le Pera L;Mazzapioda M;Tramontano A
总结：具有多个可选择的多聚腺苷酸化位点的蛋白质编码基因可以产生不同长度的mRNA 3′UTR序列，从而导致调节元件的丢失或获得，这可以影响稳定性、定位和翻译效率。3USS是一个Web服务器，旨在为实验人员提供自动识别替代3′ UTR（相对于参考转录组更短或更长）的可能性，这是标准RNA-seq数据分析程序中不可用的选项。该工具报告了在可用数据库中未注释的3′ UTR为推定的新颖性。此外，如果来自两个相关样本的数据被上传，则服务器识别并报告共同的和特定的替代3′ UTR。可用性和实施：3 USS可在http://www.biocomputing.it/3uss_server上免费获取联系人：安娜. uniroma1.it补充信息：补充数据可在在线生物信息学上获取。
Summary: Protein-coding genes with multiple alternative polyadenylation sites can generate mRNA 3′UTR sequences of different lengths, thereby causing the loss or gain of regulatory elements, which can affect stability, localization and translation efficiency. 3USS is a web-server developed with the aim of giving experimentalists the possibility to automatically identify alternative 3′UTRs (shorter or longer with respect to a reference transcriptome), an option that is not available in standard RNA-seq data analysis procedures. The tool reports as putative novel the 3′UTRs not annotated in available databases. Furthermore, if data from two related samples are uploaded, common and specific alternative 3′UTRs are identified and reported by the server. Availability and implementation: 3USS is freely available at http://www.biocomputing.it/3uss_server Contact: anna.tramontano@uniroma1.it Supplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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