Optimized Workflow for Selecting Peptides for HDX-MS Data Analyses
Optimized Workflow for Selecting Peptides for HDX-MS Data Analyses
复制标题
选择用于 HDX-MS 数据分析的肽的优化工作流程
DOI：
--
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发表时间：
2018
影响因子：
3.2
通讯作者：
R. Salbo
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lars Sørensen;R. Salbo
摘要氢氘交换质谱（HDX-MS）是研究蛋白质在溶液中结构动力学的常用技术。任何自下而上HDX-MS实验的第一部分是鉴定消化步骤产生的肽。这需要手动检查鉴定的肽以确定其用于HDX-MS分析，这是一项耗时的任务。在整个文献中，存在用于去除不产生可量化HDX信息的肽的不同方法。这包括使用肽图谱生成中使用的软件的有效性评分，并且在三个技术重复实验中的两个中应发现肽。在这里，我们分析了以前可用的方法，用于过滤鉴定的肽，就其预测肽是否将提供可定量的HDX-MS数据的能力而言。我们还提出了一种新的基于评分的系统依赖于MS/MS参数的组合，提供了一种改进的方法，用于分离可定量的肽从不可定量的。使用这种基于分数的方法减少了需要手动检查的肽谱的数量，从而减少了管理HDX-MS数据所花费的时间。
图形摘要
AbstractHydrogen deuterium exchange measured by mass spectrometry (HDX-MS) is a commonly used technique for studying the structural dynamics of proteins in solution. The first part of any bottom-up HDX-MS experiment is to identify the peptides generated from a digestion step. This requires manual inspection of the identified peptides to determine their use for HDX-MS analysis, which is a time-consuming task. Throughout the literature, there have been different approaches for removing peptides that do not yield quantifiable HDX information. This includes using validity scores from the software used in the generation of the peptide map and that the peptide should be found in two out of three technical replicate experiments. Here, we analyze the previously available methods for filtering the identified peptides in regard to their ability to predict whether a peptide will provide quantifiable HDX-MS data or not. We also present a new score-based system relying on a combination of MS/MS parameters that offers an improved method for separating quantifiable peptides from the nonquantifiable. Using this score-based method reduces the number of peptide spectra that needs to be manually inspected and thereby the time spent curating HDX-MS data.
Graphical Abstractᅟ
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影响因子：
7.4
作者：
MacCoss, MJ;Wu, CC;Yates, JR
通讯作者：
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影响因子：
5.7
作者：
West, Graham M.;Pascal, Bruce D.;Ng, Ley-Moy;Soon, Fen-Fen;Melcher, Karsten;Xu, H. Eric;Chalmers, Michael J.;Griffin, Patrick R.
通讯作者：
Griffin, Patrick R.
影响因子：
5.7
作者：
West, Graham M.;Chien, Ellen Y. T.;Katritch, Vsevolod;Gatchalian, Jovylyn;Chalmers, Michael J.;Stevens, Raymond C.;Griffin, Patrick R.
通讯作者：
Griffin, Patrick R.
影响因子：
48
作者：
Distler, Ute;Kuharev, Joerg;Tenzer, Stefan
通讯作者：
Tenzer, Stefan
Y 家族 DNA 聚合酶 DinB 和 pol kappa 的空间门残基对于 dNTP 诱导的构象变化至关重要。
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3.8
作者：
Nevin,Philip;Engen,JohnR;Beuning,PennyJ
通讯作者：
Beuning,PennyJ