WebMGA: a customizable web server for fast metagenomic sequence analysis.
WebMGA: a customizable web server for fast metagenomic sequence analysis.
复制标题
DOI：
10.1186/1471-2164-12-444
复制
发表时间：
2011-09-07
期刊：
影响因子：
4.4
通讯作者：
Li W
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wu S;Zhu Z;Fu L;Niu B;Li W
宏基因组学的新领域研究微生物群落的培养独立测序。随着新一代测序技术的发展，宏基因组数据的海量性和高复杂性给宏基因组数据分析带来了巨大的挑战。分析大型数据集是非常耗时的，而且宏基因组注释涉及广泛的计算工具，这些工具很难由普通用户安装和维护。由几个可用的Web服务器提供的工具也是有限的，并有各种限制，如登录要求，等待时间长，无法配置管道等，我们开发了WebMGA，一个可定制的Web服务器快速宏基因组分析。WebMGA包括超过20个常用的工具，如ORF调用，序列聚类，原始读数的质量控制，去除测序工件和污染，分类分析，功能注释等WebMGA为用户提供快速的宏基因组数据分析使用快速有效的工具，已实现在我们本地的计算机集群上并行运行。用户可以通过Web浏览器或编程脚本访问WebMGA，以执行单独的分析或配置和运行自定义管道。WebMGA可在http://weizhongli-lab.org/metagenomic-analysis免费获得。WebMGA为研究人员提供了许多快速和独特的工具，以及复杂宏基因组数据分析的巨大灵活性。
The new field of metagenomics studies microorganism communities by culture-independent sequencing. With the advances in next-generation sequencing techniques, researchers are facing tremendous challenges in metagenomic data analysis due to huge quantity and high complexity of sequence data. Analyzing large datasets is extremely time-consuming; also metagenomic annotation involves a wide range of computational tools, which are difficult to be installed and maintained by common users. The tools provided by the few available web servers are also limited and have various constraints such as login requirement, long waiting time, inability to configure pipelines etc. We developed WebMGA, a customizable web server for fast metagenomic analysis. WebMGA includes over 20 commonly used tools such as ORF calling, sequence clustering, quality control of raw reads, removal of sequencing artifacts and contaminations, taxonomic analysis, functional annotation etc. WebMGA provides users with rapid metagenomic data analysis using fast and effective tools, which have been implemented to run in parallel on our local computer cluster. Users can access WebMGA through web browsers or programming scripts to perform individual analysis or to configure and run customized pipelines. WebMGA is freely available at http://weizhongli-lab.org/metagenomic-analysis. WebMGA offers to researchers many fast and unique tools and great flexibility for complex metagenomic data analysis.
登录
查看更多内容
影响因子：
14.9
作者：
Pruesse E;Quast C;Knittel K;Fuchs BM;Ludwig W;Peplies J;Glöckner FO
通讯作者：
Glöckner FO
影响因子：
3
作者：
Rodriguez-Brito B;Rohwer F;Edwards RA
通讯作者：
Edwards RA
影响因子：
7
作者：
Li, Ruiqiang;Zhu, Hongmei;Wang, Jun
通讯作者：
Wang, Jun
影响因子：
48
作者：
Mavromatis, Konstantinos;Ivanova, Natalia;Kyrpides, Nikos C.
通讯作者：
Kyrpides, Nikos C.
影响因子：
5.8
作者：
Li, WZ;Jaroszewski, L;Godzik, A
通讯作者：
Godzik, A