A viral discovery methodology for clinical biopsy samples utilising massively parallel next generation sequencing.
A viral discovery methodology for clinical biopsy samples utilising massively parallel next generation sequencing.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0028879
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发表时间：
2011
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Heeney JL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Daly GM;Bexfield N;Heaney J;Stubbs S;Mayer AP;Palser A;Kellam P;Drou N;Caccamo M;Tiley L;Alexander GJ;Bernal W;Heeney JL
在这里，我们描述了一个病毒发现协议的范围内不同的病毒属，可以应用于活检大小的组织样本。我们的病毒富集程序使用犬和人肝脏样本进行了验证，显著提高了病毒读段拷贝数，并增加了可以通过从头组装生成的病毒重叠群的长度。这反过来又使Illumina下一代测序（NGS）平台能够用作从组织样本中发现病毒的有效工具。
Here we describe a virus discovery protocol for a range of different virus genera, that can be applied to biopsy-sized tissue samples. Our viral enrichment procedure, validated using canine and human liver samples, significantly improves viral read copy number and increases the length of viral contigs that can be generated by de novo assembly. This in turn enables the Illumina next generation sequencing (NGS) platform to be used as an effective tool for viral discovery from tissue samples.
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影响因子：
6.4
作者：
Castillo, I;Pardo, M;Carreño, V
通讯作者：
Carreño, V
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作者：
Luna, Luciano Kleber de Souza;Baumgarte, Sigrid;Drosten, Christian
通讯作者：
Drosten, Christian
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作者：
Victoria JG;Kapoor A;Dupuis K;Schnurr DP;Delwart EL
通讯作者：
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通讯作者：
Spiro, David J.