Genomic definition of hypervirulent and multidrug-resistant Klebsiella pneumoniae clonal groups.
Genomic definition of hypervirulent and multidrug-resistant Klebsiella pneumoniae clonal groups.
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过度抗呼吸和多药的肺炎克隆基团的基因组定义。
DOI：
10.3201/eid2011.140206
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发表时间：
2014-11
影响因子：
11.8
通讯作者：
Brisse S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bialek-Davenet S;Criscuolo A;Ailloud F;Passet V;Jones L;Delannoy-Vieillard AS;Garin B;Le Hello S;Arlet G;Nicolas-Chanoine MH;Decré D;Brisse S
我们创建了一个可通过网络访问的基因组数据库，以便从序列中快速提取基因型、毒力和抗性信息。多重耐药和高毒力肺炎克雷伯菌分离株正在出现，但对应于这些高危菌株的克隆组（CG）仍然没有准确定义。我们的目标是找出K。本研究旨在基于全基因组序列变异对肺炎克雷伯菌CG进行分类，并提供一种简单的生物信息学工具，从基因组数据中提取毒力和抗性基因数据。我们测序了48 K。pneumoniae分离株，主要是血清型K1和K2，并将基因组与119个公开可用的基因组进行比较。共694个高度保守的基因被包括在一个核心基因组多位点序列分型方案，和聚类分析的数据，使全球分布的高毒力和多药耐药的CG的精确定义。此外，我们创建了一个免费访问的数据库BIGSdb-Kp，以便从K的基因组序列中快速提取医学和流行病学相关信息。肺炎。虽然K. pneumoniae群体在很大程度上不重叠，检测到具有联合毒力和耐药性特征的分离株。
We created a Web-accessible genome database to enable rapid extraction of genotype, virulence, and resistance information from sequences. Multidrug-resistant and highly virulent Klebsiella pneumoniae isolates are emerging, but the clonal groups (CGs) corresponding to these high-risk strains have remained imprecisely defined. We aimed to identify K. pneumoniae CGs on the basis of genome-wide sequence variation and to provide a simple bioinformatics tool to extract virulence and resistance gene data from genomic data. We sequenced 48 K. pneumoniae isolates, mostly of serotypes K1 and K2, and compared the genomes with 119 publicly available genomes. A total of 694 highly conserved genes were included in a core-genome multilocus sequence typing scheme, and cluster analysis of the data enabled precise definition of globally distributed hypervirulent and multidrug-resistant CGs. In addition, we created a freely accessible database, BIGSdb-Kp, to enable rapid extraction of medically and epidemiologically relevant information from genomic sequences of K. pneumoniae. Although drug-resistant and virulent K. pneumoniae populations were largely nonoverlapping, isolates with combined virulence and resistance features were detected.
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影响因子：
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作者：
Hu, Fu-pin;Xu, Xiao-gang;Wang, Ming-gui
通讯作者：
Wang, Ming-gui
影响因子：
14.2
作者：
Breurec, S.;Guessennd, N.;Brisse, S.
通讯作者：
Brisse, S.
影响因子：
4.9
作者：
Hansen, LH;Johannesen, E;Sorensen, SJ
通讯作者：
Sorensen, SJ
DOI：
10.1128/genomea.00312-13
发表时间：
2013-05-01
期刊：
GENOME ANNOUNCEMENTS
影响因子：
--
作者：
Broberg, Christopher A.;Palacios, Michelle;Miller, Virginia L.
通讯作者：
Miller, Virginia L.
影响因子：
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作者：
Decre, Dominique;Verdet, Charlotte;Arlet, Guillaume
通讯作者：
Arlet, Guillaume