Structural motifs in ribosomal RNAs: Implications for RNA design and genomics
Structural motifs in ribosomal RNAs: Implications for RNA design and genomics
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核糖体 RNA 中的结构基序：对 RNA 设计和基因组学的影响
DOI：
10.1002/bip.10525
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发表时间：
2004
期刊：
影响因子：
2.9
通讯作者：
T. Schlick
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
J. Zorn;H. H. Gan;N. Shiffeldrim;T. Schlick
RNA分子的各种基序与其结构和功能特性密切相关。为了更好地了解此类结构基序（即茎、连接处、发夹环、凸起和内部环中的配对和不配对碱基）的性质和分布并揭示特征特征，我们分析了大肠杆菌的大 16S 和 23S 核糖体 RNA。我们发现结构基序中的配对和不配对碱基具有特征性的分布形状和范围；例如，茎中配对碱基的频率分布随碱基数量线性下降，而连接处未配对碱基的频率分布则有一个明显的峰值。值得注意的是，我们的调查显示，16S 和 23S 核糖体 RNA 共有未配对碱基与配对碱基总数（在整个分子中）的比率 (0.75) 以及茎 (0.6)、连接点 (0.16)、发夹环 (0.12) 和凸起/内部环 (0.12) 中的碱基分数，这表明天然 RNA 可能保留一定比例的碱基各种图案，以确保结构完整性。这些发现可能有助于新型 RNA 的设计和基因组中 RNA 编码基序的搜索（通过限制），这些都是当前关注的焦点问题。 © 2003 Wiley periodicals, Inc. 生物聚合物 73: 340–347, 2004
The various motifs of RNA molecules are closely related to their structural and functional properties. To better understand the nature and distributions of such structural motifs (i.e., paired and unpaired bases in stems, junctions, hairpin loops, bulges, and internal loops) and uncover characteristic features, we analyze the large 16S and 23S ribosomal RNAs of Escherichia coli. We find that the paired and unpaired bases in structural motifs have characteristic distribution shapes and ranges; for example, the frequency distribution of paired bases in stems declines linearly with the number of bases, whereas that for unpaired bases in junctions has a pronounced peak. Significantly, our survey reveals that the ratio of total (over the entire molecule) unpaired to paired bases (0.75) and the fraction of bases in stems (0.6), junctions (0.16), hairpin loops (0.12), and bulges/internal loops (0.12) are shared by 16S and 23S ribosomal RNAs, suggesting that natural RNAs may maintain certain proportions of bases in various motifs to ensure structural integrity. These findings may help in the design of novel RNAs and in the search (via constraints) for RNA‐coding motifs in genomes, problems of intense current focus. © 2003 Wiley Periodicals, Inc. Biopolymers 73: 340–347, 2004
影响因子：
6.8
作者：
Gutell, RR;Lee, JC;Cannone, JJ
通讯作者：
Cannone, JJ
影响因子：
14.9
作者：
Macke, TJ;Ecker, DJ;Sampath, R
通讯作者：
Sampath, R
影响因子：
56.9
作者：
TUERK, C;GOLD, L
通讯作者：
GOLD, L