Promoter decommissioning by the NuRD chromatin remodeling complex triggers synaptic connectivity in the mammalian brain.
Promoter decommissioning by the NuRD chromatin remodeling complex triggers synaptic connectivity in the mammalian brain.
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DOI：
10.1016/j.neuron.2014.05.039
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发表时间：
2014-07-02
期刊：
影响因子：
16.2
通讯作者：
Bonni A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yamada T;Yang Y;Hemberg M;Yoshida T;Cho HY;Murphy JP;Fioravante D;Regehr WG;Gygi SP;Georgopoulos K;Bonni A
基因表达的精确控制在大脑发育中起着重要作用，但染色质调节剂在神经元连接中的作用仍然知之甚少。我们报告说，在体内RNAi和有条件敲除的核心NuRD亚基Chd 4的NuRD复合物的耗尽深刻损害颗粒神经元平行纤维/浦肯野细胞突触在啮齿动物小脑皮质在体内的建立。通过将转录本的全基因组测序和ChIP-Seq分析相结合，我们发现了在靶基因启动子处受抑制基因和不同组蛋白修饰的网络，这些基因启动子在体内由小脑中的NuRD复合物发育调控。最后，在一个有针对性的体内RNAi筛选NuRD靶基因，我们确定了一个程序的NuRD抑制的基因，作为突触前分化的关键监管机构在小脑皮层。我们的研究结果将NuRD依赖性启动子退役定义为一种发育调节的编程机制，该机制驱动哺乳动物大脑中的突触连接。
Precise control of gene expression plays fundamental roles in brain development, but the roles of chromatin regulators in neuronal connectivity have remained poorly understood. We report that depletion of the NuRD complex by in vivo RNAi and conditional knockout of the core NuRD subunit Chd4 profoundly impairs the establishment of granule neuron parallel fiber/Purkinje cell synapses in the rodent cerebellar cortex in vivo. By interfacing genome-wide sequencing of transcripts and ChIP-Seq analyses, we uncover a network of repressed genes and distinct histone modifications at target gene promoters that are developmentally regulated by the NuRD complex in the cerebellum in vivo. Finally, in a targeted in vivo RNAi screen of NuRD target genes, we identify a program of NuRD-repressed genes that operate as critical regulators of presynaptic differentiation in the cerebellar cortex. Our findings define NuRD-dependent promoter decommissioning as a developmentally-regulated programming mechanism that drives synaptic connectivity in the mammalian brain.
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DOI：
10.1038/nrg3413
发表时间：
2013-05
期刊：
Nature reviews. Genetics
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
56.9
作者：
Konishi, Y;Stegm端ller, J;Bonni, A
通讯作者：
Bonni, A
影响因子：
64.5
作者：
Fujita, N;Jaye, DL;Wade, PA
通讯作者：
Wade, PA
影响因子：
56.9
作者：
Shalizi, A;Gaudillière, B;Bonni, A
通讯作者：
Bonni, A
影响因子：
23.9
作者：
Reynolds, Nicola;Latos, Paulina;Hynes-Allen, Antony;Loos, Remco;Leaford, Donna;O'Shaughnessy, Aoife;Mosaku, Olukunbi;Signolet, Jason;Brennecke, Philip;Kalkan, Tuezer;Costello, Ita;Humphreys, Peter;Mansfield, William;Nakagawa, Kentaro;Strouboulis, John;Behrens, Axel;Bertone, Paul;Hendrich, Brian
通讯作者：
Hendrich, Brian