The Negatome database: a reference set of non-interacting protein pairs.
The Negatome database: a reference set of non-interacting protein pairs.
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Negatome数据库：非相互作用蛋白对的参考集。
DOI：
10.1093/nar/gkp1026
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发表时间：
2010-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Ruepp A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Smialowski P;Pagel P;Wong P;Brauner B;Dunger I;Fobo G;Frishman G;Montrone C;Rattei T;Frishman D;Ruepp A
Negatome是不太可能参与直接物理相互作用的蛋白质和结构域对的集合。该数据库目前包含来自两个不同来源的实验支持的非相互作用的蛋白质对：通过人工整理文献和分析具有已知3D结构的蛋白质复合物。通过排除高通量方法检测到的相互作用，从这两个数据集推导出更严格的非相互作用对列表。此外，非相互作用的蛋白质结构域已分别从严格的手册和结构数据中获得。Negatome对功能不同的蛋白质的偏见要比从不同细胞位置随机选择蛋白质得到的阴性数据少得多。它可以用来评估蛋白质和结构域的相互作用，从新的实验和改进相互作用预测算法的训练。Negatome数据库见http://mips.helmholtz-muenchen.de/proj/ppi/negatome。
The Negatome is a collection of protein and domain pairs that are unlikely to be engaged in direct physical interactions. The database currently contains experimentally supported non-interacting protein pairs derived from two distinct sources: by manual curation of literature and by analyzing protein complexes with known 3D structure. More stringent lists of non-interacting pairs were derived from these two datasets by excluding interactions detected by high-throughput approaches. Additionally, non-interacting protein domains have been derived from the stringent manual and structural data, respectively. The Negatome is much less biased toward functionally dissimilar proteins than the negative data derived by randomly selecting proteins from different cellular locations. It can be used to evaluate protein and domain interactions from new experiments and improve the training of interaction prediction algorithms. The Negatome database is available at http://mips.helmholtz-muenchen.de/proj/ppi/negatome.
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