Comprehensive in vivo secondary structure of the SARS-CoV-2 genome reveals novel regulatory motifs and mechanisms.
Comprehensive in vivo secondary structure of the SARS-CoV-2 genome reveals novel regulatory motifs and mechanisms.
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SARS-CoV-2基因组的全面体内二级结构揭示了新的调控基序和机制。
DOI：
10.1016/j.molcel.2020.12.041
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发表时间：
2021-02-04
期刊：
影响因子：
16
通讯作者：
Pyle AM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Huston NC;Wan H;Strine MS;de Cesaris Araujo Tavares R;Wilen CB;Pyle AM
严重急性呼吸综合征相关冠状病毒2（SARS-CoV-2）是导致2019冠状病毒病（COVID-19）的正义RNA病毒。SARS-CoV-2的基因组在病毒RNA中是独特的，因为它具有形成RNA结构的巨大潜力，但其30种内切酶中有多达97%尚未进行结构研究。在这里，我们应用一种新的长扩增子策略，以确定在感染细胞中的单核苷酸分辨率的SARS-CoV-2 RNA基因组的二级结构。我们深入的结构分析揭示了整个Orf 1ab中折叠良好的RNA结构网络，并揭示了SARS-CoV-2基因组结构的各个方面，这些方面将其与其他RNA病毒区分开来。进化分析表明，SARS-CoV-2基因组结构的几个特征在β-冠状病毒中是保守的，我们确定了折叠良好的RNA结构区域，这些区域值得进行下游功能分析。本文提供的SARS-CoV-2的天然二级结构是一个路线图，将促进对病毒生命周期的重点研究，促进引物设计，并指导针对COVID-19的RNA药物靶点的鉴定。使用基于细胞的化学探测，休士顿等人。提供了实验确定的感染细胞中SARS-CoV-2 RNA基因组的结构图。该图谱揭示了在其他冠状病毒中保守的折叠良好的RNA结构网络。破坏这些结构会抑制SARS-CoV-2的生长。
Severe-acute-respiratory-syndrome-related coronavirus 2 (SARS-CoV-2) is the positive-sense RNA virus that causes coronavirus disease 2019 (COVID-19). The genome of SARS-CoV-2 is unique among viral RNAs in its vast potential to form RNA structures, yet as much as 97% of its 30 kilobases have not been structurally explored. Here, we apply a novel long amplicon strategy to determine the secondary structure of the SARS-CoV-2 RNA genome at single-nucleotide resolution in infected cells. Our in-depth structural analysis reveals networks of well-folded RNA structures throughout Orf1ab and reveals aspects of SARS-CoV-2 genome architecture that distinguish it from other RNA viruses. Evolutionary analysis shows that several features of the SARS-CoV-2 genomic structure are conserved across β-coronaviruses, and we pinpoint regions of well-folded RNA structure that merit downstream functional analysis. The native, secondary structure of SARS-CoV-2 presented here is a roadmap that will facilitate focused studies on the viral life cycle, facilitate primer design, and guide the identification of RNA drug targets against COVID-19. Using cell-based chemical probing, Huston et al. provide an experimentally determined structural map of the SARS-CoV-2 RNA genome in infected cells. The map reveals networks of well-folded RNA structures that are conserved in other coronaviruses. Disruption of these structures inhibits SARS-CoV-2 growth.
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影响因子：
3.7
作者：
Cho CP;Lin SC;Chou MY;Hsu HT;Chang KY
通讯作者：
Chang KY
DOI：
10.1038/nrmicro.2016.81
发表时间：
2016-08
期刊：
Nature reviews. Microbiology
影响因子：
--
作者：
de Wit E;van Doremalen N;Falzarano D;Munster VJ
通讯作者：
Munster VJ
影响因子：
3.7
作者：
Chen, Shih-Cheng;Olsthoorn, Rene C. L.
通讯作者：
Olsthoorn, Rene C. L.
影响因子：
18.2
作者：
Haniff HS;Tong Y;Liu X;Chen JL;Suresh BM;Andrews RJ;Peterson JM;O'Leary CA;Benhamou RI;Moss WN;Disney MD
通讯作者：
Disney MD
DOI：
10.1073/pnas.1716689115
发表时间：
2018-11-06
影响因子：
11.1
作者：
Dethoff, Elizabeth A.;Boerneke, Mark A.;Weeks, Kevin M.
通讯作者：
Weeks, Kevin M.