Short peptide nucleic acids bind strongly to homopurine tract of double helical RNA at pH 5.5.
Short peptide nucleic acids bind strongly to homopurine tract of double helical RNA at pH 5.5.
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DOI：
10.1021/ja101384k
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发表时间：
2010-06-30
影响因子：
15
通讯作者：
Rozners, Eriks
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Li, Ming;Zengeya, Thomas;Rozners, Eriks
非编码RNA在细胞生物学中的重要作用使其成为分子识别的一个有吸引力的靶标。然而，选择性结合双螺旋RNA并可能作为生化探针和潜在药物先导的小分子的发现相对缓慢。在这里，我们发现短至6个核碱基的肽核酸在pH 5.5下与双螺旋RNA的同嘌呤通道结合非常强（Ka > 107）并选择性排序。等温滴定量热和圆二色性实验表明，其结合方式可能是序列选择性的三螺旋结构。我们的研究结果对开发生物化学探针来研究非编码rna的功能以及设计具有潜在抗菌和抗病毒活性的化合物具有重要意义。
The important role that non-coding RNA plays in cell biology makes it an attractive target for molecular recognition. However, the discovery of small molecules that bind double helical RNA selectively and may serve as biochemical probes and potential drug leads has been relatively slow. Herein, we show that peptide nucleic acids, as short as six nucleobases, bind very strongly (Ka > 107) and sequence selectively to a homopurine tract of double helical RNA at pH 5.5. The isothermal titration calorimetry and circular dichroism experiments suggest that the binding mode may be a sequence selective triple helix formation. Our results have implications for development of biochemical probes to study function of non-coding RNAs and design of compounds with potential antibacterial and antiviral activity.
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