Four base recognition by triplex-forming oligonucleotides at physiological pH.
Four base recognition by triplex-forming oligonucleotides at physiological pH.
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DOI：
10.1093/nar/gki625
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发表时间：
2005
影响因子：
14.9
通讯作者：
Fox KR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Rusling DA;Powers VE;Ranasinghe RT;Wang Y;Osborne SD;Brown T;Fox KR
我们使用包含四种不同合成核苷酸的三链体形成寡核苷酸，通过在生理 pH 下形成三螺旋，实现了对所有 4 bp 的识别。 BAU [2′-氨基乙氧基-5-(3-氨基丙-1-炔基)尿苷] 以高亲和力识别 AT 碱基对，MeP (3-甲基-2 氨基吡啶) 在比胞嘧啶更高的 pH 下与 GC 结合，而 APP (6-(3-氨基丙基)-7-甲基-3H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-2(7H)-一) 和S [N-(4-(3-乙酰氨基苯基)噻唑-2-基-乙酰胺)]分别与CG和TA碱基对结合。荧光熔解和 DNase I 足迹分析表明，包含两个 CG 和两个 TA 中断的 19mer 寡嘌呤序列成功形成了三链体。该复合物依赖于 pH 值，但在 pH 7.0 时仍然稳定。 BAU、MeP 和 APP 保留相当大的选择性，与这些残基相反的单碱基对变化会导致亲和力大幅降低。相比之下，S 的选择性较低，并且能够容忍 CG 对和 TA。
We have achieved recognition of all 4 bp by triple helix formation at physiological pH, using triplex-forming oligonucleotides that contain four different synthetic nucleotides. BAU [2′-aminoethoxy-5-(3-aminoprop-1-ynyl)uridine] recognizes AT base pairs with high affinity, MeP (3-methyl-2 aminopyridine) binds to GC at higher pHs than cytosine, while APP (6-(3-aminopropyl)-7-methyl-3H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-2(7H)-one) and S [N-(4-(3-acetamidophenyl)thiazol-2-yl-acetamide)] bind to CG and TA base pairs, respectively. Fluorescence melting and DNase I footprinting demonstrate successful triplex formation at a 19mer oligopurine sequence that contains two CG and two TA interruptions. The complexes are pH dependent, but are still stable at pH 7.0. BAU, MeP and APP retain considerable selectivity, and single base pair changes opposite these residues cause a large reduction in affinity. In contrast, S is less selective and tolerates CG pairs as well as TA.
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