Transcriptome-wide Analysis of Roles for tRNA Modifications in Translational Regulation.
Transcriptome-wide Analysis of Roles for tRNA Modifications in Translational Regulation.
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DOI：
10.1016/j.molcel.2017.11.002
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发表时间：
2017-12-07
期刊：
影响因子：
16
通讯作者：
Rando OJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chou HJ;Donnard E;Gustafsson HT;Garber M;Rando OJ
非编码RNA中的共价核苷酸修饰影响了大量的生物学过程，即使是众所周知的修饰酶也不断发现新的功能。为了系统地比较大量ncRNA修饰在基因调控中的功能，我们在芽殖酵母中进行了核糖体分析，以表征参与tRNA修饰的57个非必需基因。缺失突变体表现出一系列的翻译表型，与已知的酶修改反密码子，或非tRNA底物，如rRNA，表现出最显着的翻译扰动。我们的数据建立在先前的报告中记录了营养响应性转录因子Gcn 4在众多tRNA扰动下的翻译上调，并在整个酵母基因组中鉴定了许多额外的抑制性调节的mRNA。我们的数据还揭示了tRNA修饰酶在调节TY逆转录元件和rRNA 2′-O-甲基化中的意想不到的作用。这个数据集应该为发现tRNA修饰和基因调控之间的其他联系提供了丰富的资源。RNA修饰影响许多生物过程。Chou等人全面研究了一大组ncRNA修饰的功能，生成了缺乏tRNA修饰酶的突变酵母的核糖体占据图。该数据集证实了先前的研究，确定了许多酶的新功能，并为未来的分析提供了资源。
Covalent nucleotide modifications in noncoding RNAs affect a plethora of biological processes, and new functions continue to be discovered even for well-known modifying enzymes. To systematically compare the functions of a large set of ncRNA modifications in gene regulation, we carried out ribosome profiling in budding yeast to characterize 57 nonessential genes involved in tRNA modification. Deletion mutants exhibited a range of translational phenotypes, with enzymes known to modify anticodons, or non-tRNA substrates such as rRNA, exhibiting the most dramatic translational perturbations. Our data build on prior reports documenting translational upregulation of the nutrient-responsive transcription factor Gcn4 in response to numerous tRNA perturbations, and identify many additional translationally-regulated mRNAs throughout the yeast genome. Our data also uncover unexpected roles for tRNA modifying enzymes in regulation of TY retroelements, and in rRNA 2′-O-methylation. This dataset should provide a rich resource for discovery of additional links between tRNA modifications and gene regulation. RNA modifications affect a multitude of biological processes. Chou et al comprehensively investigate the functions of one large set of ncRNA modifications, generating ribosome occupancy maps for mutant yeast lacking tRNA-modifying enzymes. This dataset confirms prior studies, identifies new functions for many enzymes, and provides a resource for future analyses.
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