Selection of Reference Genes for RT-qPCR Analysis in Coccinella septempunctata to Assess Un-intended Effects of RNAi Transgenic Plants.
Selection of Reference Genes for RT-qPCR Analysis in Coccinella septempunctata to Assess Un-intended Effects of RNAi Transgenic Plants.
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DOI：
10.3389/fpls.2016.01672
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发表时间：
2016
影响因子：
5.6
通讯作者：
Zhou X
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yang C;Preisser EL;Zhang H;Liu Y;Dai L;Pan H;Zhou X
利用RNA干扰（RNAi）抑制无脊椎害虫的基因工程植物的发展为昆虫控制开辟了新的途径。虽然这种生物技术显示出巨大的前景，但潜在的非靶和脱靶影响仍然是一个主要问题，这可能通过改变暴露生物体中的mRNA表达来表现。分析这些非预期效应的一个有力工具是逆转录酶定量聚合酶链反应，这是一种使用一套参考基因进行标准化来定量基因表达的技术。七星瓢虫（Coccinella septempunctata）是经典生物防治和辅助生物防治中常用的捕食性天敌，也是植物保护剂环境风险评价（ERA）的模式替代种。在这里，我们评估了8个候选参考基因对C.在生物和非生物条件下七星虫v-ATPase A基因的表达。使用具有不同算法的五种计算工具geNorm、Normfinder、BestKeeper、ΔCt方法和Referral来评估这些候选物的稳定性。因此，分别为涉及不同发育阶段、组织和摄入的dsRNA的实验推荐了独特的参考基因组。通过建立标准化的RT-qPCR分析方法，为C.通过对Septempunctata的分析，我们的工作提高了涉及RNAi转基因植物的PIP的ERA的准确性和可重复性。
The development of genetically engineered plants that employ RNA interference (RNAi) to suppress invertebrate pests opens up new avenues for insect control. While this biotechnology shows tremendous promise, the potential for both non-target and off-target impacts, which likely manifest via altered mRNA expression in the exposed organisms, remains a major concern. One powerful tool for the analysis of these un-intended effects is reverse transcriptase-quantitative polymerase chain reaction, a technique for quantifying gene expression using a suite of reference genes for normalization. The seven-spotted ladybeetle Coccinella septempunctata, a commonly used predator in both classical and augmentative biological controls, is a model surrogate species used in the environmental risk assessment (ERA) of plant incorporated protectants (PIPs). Here, we assessed the suitability of eight reference gene candidates for the normalization and analysis of C. septempunctata v-ATPase A gene expression under both biotic and abiotic conditions. Five computational tools with distinct algorisms, geNorm, Normfinder, BestKeeper, the ΔCt method, and RefFinder, were used to evaluate the stability of these candidates. As a result, unique sets of reference genes were recommended, respectively, for experiments involving different developmental stages, tissues, and ingested dsRNAs. By providing a foundation for standardized RT-qPCR analysis in C. septempunctata, our work improves the accuracy and replicability of the ERA of PIPs involving RNAi transgenic plants.
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