An Open-Source Framework for Automated High-Throughput Cell Biology Experiments.
An Open-Source Framework for Automated High-Throughput Cell Biology Experiments.
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DOI：
10.3389/fcell.2021.697584
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发表时间：
2021
影响因子：
5.5
通讯作者：
Nikolaev A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Katunin P;Zhou J;Shehata OM;Peden AA;Cadby A;Nikolaev A
优化算法或深度学习等现代数据分析方法已成功应用于许多生物技术和医学问题。为了使这些方法有效，需要进行大量高质量和可重复的实验，需要高度自动化。在这里，我们提出了一个开源硬件和低成本的框架，允许自动高通量生成大量的细胞生物学数据。我们的设计包括一个落射荧光显微镜与自动XY阶段移动多孔板含有细胞和灌注歧管，允许编程应用程序多达8种不同的解决方案。我们的系统非常灵活，可以很容易地适应个人的实验需求。为了证明该系统的实用性，我们已经使用它来进行高通量的Ca2+成像和大规模的荧光标记实验。
Modern data analysis methods, such as optimization algorithms or deep learning have been successfully applied to a number of biotechnological and medical questions. For these methods to be efficient, a large number of high-quality and reproducible experiments needs to be conducted, requiring a high degree of automation. Here, we present an open-source hardware and low-cost framework that allows for automatic high-throughput generation of large amounts of cell biology data. Our design consists of an epifluorescent microscope with automated XY stage for moving a multiwell plate containing cells and a perfusion manifold allowing programmed application of up to eight different solutions. Our system is very flexible and can be adapted easily for individual experimental needs. To demonstrate the utility of the system, we have used it to perform high-throughput Ca2+ imaging and large-scale fluorescent labeling experiments.
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影响因子：
9.8
作者：
Baden T;Chagas AM;Gage GJ;Marzullo TC;Prieto-Godino LL;Euler T
通讯作者：
Euler T
DOI：
10.15252/embj.2020105889
发表时间：
2021-02-01
期刊：
The EMBO journal
影响因子：
--
作者：
Miura K;Nørrelykke SF
通讯作者：
Nørrelykke SF
影响因子：
5.8
作者：
Hilsenbeck, Oliver;Schwarzfischer, Michael;Schroeder, Timm
通讯作者：
Schroeder, Timm
影响因子：
2.2
作者：
Baas, Sander;Saggiomo, Vittorio
通讯作者：
Saggiomo, Vittorio
影响因子：
15.8
作者：
Ioannidis, JPA
通讯作者：
Ioannidis, JPA