FoldAffinity: binding affinities from nDSF experiments.
FoldAffinity: binding affinities from nDSF experiments.
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DOI：
10.1038/s41598-021-88985-z
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发表时间：
2021-05-05
影响因子：
4.6
通讯作者：
García-Alai M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Niebling S;Burastero O;Bürgi J;Günther C;Defelipe LA;Sander S;Gattkowski E;Anjanappa R;Wilmanns M;Springer S;Tidow H;García-Alai M
利用蛋白质固有荧光（nDSF）的差示扫描荧光法（DSF）是一种在不同条件下（如缓冲液、pH值）评估热蛋白稳定性的常用技术。在许多情况下，配体结合增加了蛋白质的热稳定性，这通常可以在nDSF实验中被检测到。在这里，我们评估基于热位移的结合亲和力量化。我们提出了四种具有不同结合亲和力配体的蛋白质体系，范围从nM到高μM。我们的研究表明，与从熔融温度获得的表观Kds相比，通过等温分析确定的结合亲和度与现有生物物理技术（ITC和MST）的结果更吻合。此外，我们描述了一种在等温分析过程中可选地拟合展开（）时的热容变化的方法。本出版物包括一个web服务器的发布，便于对nDSF数据进行等温分析。
Differential scanning fluorimetry (DSF) using the inherent fluorescence of proteins (nDSF) is a popular technique to evaluate thermal protein stability in different conditions (e.g. buffer, pH). In many cases, ligand binding increases thermal stability of a protein and often this can be detected as a clear shift in nDSF experiments. Here, we evaluate binding affinity quantification based on thermal shifts. We present four protein systems with different binding affinity ligands, ranging from nM to high μM. Our study suggests that binding affinities determined by isothermal analysis are in better agreement with those from established biophysical techniques (ITC and MST) compared to apparent Kds obtained from melting temperatures. In addition, we describe a method to optionally fit the heat capacity change upon unfolding () during the isothermal analysis. This publication includes the release of a web server for easy and accessible application of isothermal analysis to nDSF data.
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影响因子：
64.8
作者：
Harris CR;Millman KJ;van der Walt SJ;Gommers R;Virtanen P;Cournapeau D;Wieser E;Taylor J;Berg S;Smith NJ;Kern R;Picus M;Hoyer S;van Kerkwijk MH;Brett M;Haldane A;Del Río JF;Wiebe M;Peterson P;Gérard-Marchant P;Sheppard K;Reddy T;Weckesser W;Abbasi H;Gohlke C;Oliphant TE
通讯作者：
Oliphant TE
DOI：
10.1111/j.1432-1033.1996.0468h.x
发表时间：
1996-09-01
期刊：
EUROPEAN JOURNAL OF BIOCHEMISTRY
影响因子：
--
作者：
Blobel, F;Erdmann, R
通讯作者：
Erdmann, R
DOI：
10.1002/prot.340220410
发表时间：
1995-08-01
期刊：
PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND GENETICS
影响因子：
--
作者：
GOMEZ, J;HILSER, VJ;FREIRE, E
通讯作者：
FREIRE, E
影响因子：
24.8
作者：
Saini, Sunil Kumar;Tamhane, Tripti;Hadrup, Sine Reker
通讯作者：
Hadrup, Sine Reker
影响因子：
5.8
作者：
Andreatta, Massimo;Nielsen, Morten
通讯作者：
Nielsen, Morten