Cildb: a knowledgebase for centrosomes and cilia.
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DOI：
10.1093/database/bap022
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发表时间：
2009
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Cohen J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Arnaiz O;Malinowska A;Klotz C;Sperling L;Dadlez M;Koll F;Cohen J
纤毛病是由纤毛或鞭毛的结构或功能缺陷引起的多效性疾病，反映了纤毛在发育过程中、在干细胞中、在体器官和生殖细胞中的多重作用。高通量研究已经揭示了数百种蛋白质参与纤毛的组成、功能或生物发生。相应的基因是孤儿纤毛病变的潜在候选者。为了研究纤毛基因，使用模式生物，其中关于运动、感觉或发育功能的特定问题可以通过遗传学来解决。在草履虫纤毛的高通量研究过程中，我们面临着与其他模式生物的结果进行比较的问题。因此，我们开发了一种新的知识库，Cildb，整合了来自不同来源的纤毛数据。Cildb链接18个物种之间的高通量纤毛研究，和人类遗传性疾病的OMIM数据的直系亲属关系。Cildb的网络界面包括三个工具，BioMart用于复杂查询，BLAST用于序列同源性搜索，GBrowse用于浏览与人类疾病的OMIM信息相关的人类基因组。Cildb可用于种间比较，在任何物种中构建候选纤毛蛋白质组，或鉴定候选纤毛病基因。数据库URL：http://cildb.cgm.cnrs-gif.fr
Ciliopathies, pleiotropic diseases provoked by defects in the structure or function of cilia or flagella, reflect the multiple roles of cilia during development, in stem cells, in somatic organs and germ cells. High throughput studies have revealed several hundred proteins that are involved in the composition, function or biogenesis of cilia. The corresponding genes are potential candidates for orphan ciliopathies. To study ciliary genes, model organisms are used in which particular questions on motility, sensory or developmental functions can be approached by genetics. In the course of high throughput studies of cilia in Paramecium tetraurelia, we were confronted with the problem of comparing our results with those obtained in other model organisms. We therefore developed a novel knowledgebase, Cildb, that integrates ciliary data from heterogeneous sources. Cildb links orthology relationships among 18 species to high throughput ciliary studies, and to OMIM data on human hereditary diseases. The web interface of Cildb comprises three tools, BioMart for complex queries, BLAST for sequence homology searches and GBrowse for browsing the human genome in relation to OMIM information for human diseases. Cildb can be used for interspecies comparisons, building candidate ciliary proteomes in any species, or identifying candidate ciliopathy genes. Database URL: http://cildb.cgm.cnrs-gif.fr
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