Synonymous lysine codon usage modification in a mobile antibiotic resistance gene similarly alters protein production in bacterial species with divergent lysine codon usage biases because it removes a duplicate AAA lysine codon
Synonymous lysine codon usage modification in a mobile antibiotic resistance gene similarly alters protein production in bacterial species with divergent lysine codon usage biases because it removes a duplicate AAA lysine codon
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移动抗生素抗性基因中的同义赖氨酸密码子使用修饰同样会改变具有不同赖氨酸密码子使用偏差的细菌物种的蛋白质生产，因为它去除了重复的 AAA 赖氨酸密码子
DOI：
10.1101/294173
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发表时间：
2018
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Alorabi M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Alorabi M
移动的抗生素耐药基因blaIMP-1具有重要的临床意义，其同义AAA：AAG赖氨酸密码子使用偏倚为73：27。这种偏倚类似于实验测定的大肠杆菌和鲍曼不动杆菌中高表达基因的偏倚，但与铜绿假单胞菌（26：74 AAA：AAG）中的偏倚大不相同。在这里，我们发现，矛盾的是，改变AAA：AAG赖氨酸密码子偏好为8：92 inblaIMP-1从一个天然启动子表达的结果显着更多的IMP-1生产在所有三个物种。连续定点突变显示，在去除AAA、AAA双赖氨酸密码子后，IMP-1产量增加，否则，赖氨酸密码子的使用对IMP-1产量没有可观察到的影响。我们的结论是，核糖体滑移在这个多聚腺苷区域降低了IMP-1的有效翻译，并且用鸟嘌呤打断该区域减少了核糖体滑移并增加了IMP-1的产生。
The mobile antibiotic resistance geneblaIMP-1is clinically important and has a synonymous AAA:AAG lysine codon usage bias of 73:27. This bias is like that seen in experimentally determined highly expressed genes inEscherichia coliandAcinetobacter baumanii, but quite different from that seen inPseudomonas aeruginosa(26:74 AAA:AAG). Here we show that, paradoxically, shifting the AAA:AAG lysine codon bias to 8:92 inblaIMP-1expressed from a natural promoter results in significantly more IMP-1 production in all three species. Sequential site directed mutagenesis revealed that increased IMP-1 production occurs following removal of an AAA,AAA double lysine codon and that otherwise, lysine codon usage had no observable impact on IMP-1 production. We conclude that ribosomal slippage at this poly-adenosine region reduces efficient translation of IMP-1 and that punctuating the region with guanine reduces ribosomal slippage and increases IMP-1 production.
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