The biochemistry and fidelity of synthesis by the apicoplast genome replication DNA polymerase Pfprex from the malaria parasite Plasmodium falciparum.
The biochemistry and fidelity of synthesis by the apicoplast genome replication DNA polymerase Pfprex from the malaria parasite Plasmodium falciparum.
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来自疟原虫疟原虫疟原虫的生物化学基因组复制DNA聚合酶PfPREX的合成生物化学和忠诚度。
DOI：
10.1016/j.jmb.2011.04.071
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发表时间：
2011-07-01
影响因子：
5.6
通讯作者：
Loeb LA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kennedy SR;Chen CY;Schmitt MW;Bower CN;Loeb LA
恶性疟原虫（Plasmodiumfalciparum）是人类疟疾的主要病原体，含有三个独立的基因组。顶质体是一种细胞内的细胞器，含有约35 kb的环状DNA基因组，其A/T含量异常高（>86%），由核编码的复制复合物Pfprex复制。在此，我们表达并纯化了Pfprex（KPom 1）的DNA聚合酶结构域，并使用基于LacZ的正向突变测定法测量了其保真度。此外，我们使用缺乏3 '→5'外切核酸溶解活性的Kpom 1分析了互补和非互补核苷酸掺入的动力学参数。KPom 1具有强偏倚的突变谱，其中T → C是最常见的单碱基替换，与密切相关的E显著不同。coli DNA聚合酶I（pol I）。使用大肠大肠杆菌中携带一个温度敏感的pol I等位基因，我们建立了KPom 1可以补充生长缺陷型在高温下。我们建议，KPom 1的错误偏差可以利用在互补试验中，以确定模仿这种碱基错配的核苷类似物，并优先抑制顶质体DNA复制。
Plasmodium falciparum, the major causative agent of human malaria contains three separate genomes. The apicoplast, an intracellular organelle contains a ∼35kb circular DNA genome of unusually high A/T content (>86%) that is replicated by the nuclear encoded replication complex Pfprex. Herein, we have expressed and purified the DNA polymerase domain of Pfprex (KPom1) and measured its fidelity using a LacZ based forward mutation assay. In addition, we analyzed the kinetic parameters for the incorporation of both complementary and non-complementary nucleotides incorporation using Kpom1 lacking the 3′→5′ exonucleolytic activity. KPom1 exhibits a strongly biased mutational spectrum in which the T → C is the most frequent single-base substitution and differs significantly from the closely related E. coli DNA polymerase I (pol I). Using E. coli harboring a temperature sensitive pol I allele, we established that KPom1 can complement the growth defective phenotype at an elevated temperature. We propose that the error bias of KPom1 may be exploited in the complementation assay to identify nucleoside analogs that mimic this base-mispairing and preferentially inhibit apicoplast DNA replication.
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影响因子：
4.5
作者：
Hershberg R;Petrov DA
通讯作者：
Petrov DA
影响因子：
4.9
作者：
Dahl, Erica L.;Shock, Jennifer L.;Rosenthal, Philip J.
通讯作者：
Rosenthal, Philip J.
DOI：
10.1101/sqb.2000.65.81
发表时间：
2000-01-01
期刊：
COLD SPRING HARBOR SYMPOSIA ON QUANTITATIVE BIOLOGY
影响因子：
--
作者：
Bebenek, K;Kunkel, TA
通讯作者：
Kunkel, TA
影响因子：
5.6
作者：
Matsuda, T;Bebenek, K;Kunkel, TA
通讯作者：
Kunkel, TA
影响因子：
14.9
作者：
Arana, Mercedes E.;Seki, Mineaki;Wood, Richard D.;Rogozin, Igor B.;Kunkel, Thomas A.
通讯作者：
Kunkel, Thomas A.