High-resolution comparative modeling with RosettaCM.
High-resolution comparative modeling with RosettaCM.
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DOI：
10.1016/j.str.2013.08.005
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发表时间：
2013-10-08
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Baker D
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Song Y;DiMaio F;Wang RY;Kim D;Miles C;Brunette T;Thompson J;Baker D
我们描述了一种改进的比较建模方法，RosettaCM，它优化了物理上现实的所有原子的能量函数的构象空间定义的同源结构。给定一组序列比对，RosettaCM通过在Cartesian空间中重组对齐的片段并在挠空间中从头构建未对齐的区域来组装拓扑。使用结合片段叠加和基于梯度的最小化的循环闭合方法来正则化片段之间的连接。通过全原子细化优化模型的能量，并选择最具代表性的低能模型。CASP10实验表明，当与模板的序列同一性大于± 15%时，RosettaCM产生的模型具有比其他方法更准确的侧链和主链构象。
We describe an improved method for comparative modeling, RosettaCM, which optimizes a physically realistic all-atom energy function over the conformational space defined by homologous structures. Given a set of sequence alignments, RosettaCM assembles topologies by recombining aligned segments in Cartesian-space and building unaligned regions de novo in torsion space. The junctions between segments are regularized using a loop-closure method combining fragment superposition with gradient-based minimization. The energies of the resulting models are optimized by all-atom refinement, and the most representative low energy model is selected. The CASP10 experiment suggests RosettaCM yields models with more accurate sidechain and backbone conformations than other methods when the sequence identity to the templates is greater than ∼15%.
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影响因子：
2.9
作者：
Keedy, Daniel A.;Williams, Christopher J.;Richardson, Jane S.
通讯作者：
Richardson, Jane S.
影响因子：
14.9
作者：
Zemla, A
通讯作者：
Zemla, A
影响因子：
5.6
作者：
Tyka MD;Keedy DA;André I;Dimaio F;Song Y;Richardson DC;Richardson JS;Baker D
通讯作者：
Baker D
影响因子：
14.9
作者：
Davis IW;Leaver-Fay A;Chen VB;Block JN;Kapral GJ;Wang X;Murray LW;Arendall WB 3rd;Snoeyink J;Richardson JS;Richardson DC
通讯作者：
Richardson DC
DOI：
10.1126/science.1219364
发表时间：
2012-06-01
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
King NP;Sheffler W;Sawaya MR;Vollmar BS;Sumida JP;André I;Gonen T;Yeates TO;Baker D
通讯作者：
Baker D