iRefIndex: a consolidated protein interaction database with provenance.
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DOI：
10.1186/1471-2105-9-405
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发表时间：
2008-09-30
影响因子：
3
通讯作者：
Donaldson, Ian M.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Razick, Sabry;Magklaras, George;Donaldson, Ian M.
给定蛋白质的相互作用数据可以分布在多个数据库中。我们着手创建一个统一的索引，以便于搜索这些数据，并将冗余的交互数据分组在一起，同时记录用于执行此分组的方法。我们提出了一种方法来生成一个关键的蛋白质相互作用记录和每个参与蛋白质的关键。这些密钥可以由任何人仅使用蛋白质的一级序列、它们的分类标识符和安全散列算法来生成。如果两个相互作用记录引用相同的蛋白质序列和分类标识符集合，则它们将具有相同的键。我们将具有相同键的记录定义为冗余组。我们的方法要求我们将相互作用记录中发现的蛋白质数据库引用映射到当前的蛋白质序列记录。在该映射期间执行的操作由映射得分来描述，该映射得分可以向源交互数据库提供关于格式错误、不推荐、模糊或未找到的有问题的引用的有价值的反馈。蛋白质参与者的键允许检索与原始记录中使用的蛋白质参考无关的相互作用信息。我们已经将我们的方法应用于BIND，BioGrid，DIP，HPRD，IntAct，MINT，MPact，MPPI和OPHID的蛋白质相互作用记录。所得到的相互作用参考指数以PSI-MITAB 2.5格式提供，见。该索引可以形成基于基因标识符或近序列同一性分组的替代冗余分组的基础。
Interaction data for a given protein may be spread across multiple databases. We set out to create a unifying index that would facilitate searching for these data and that would group together redundant interaction data while recording the methods used to perform this grouping. We present a method to generate a key for a protein interaction record and a key for each participant protein. These keys may be generated by anyone using only the primary sequence of the proteins, their taxonomy identifiers and the Secure Hash Algorithm. Two interaction records will have identical keys if they refer to the same set of identical protein sequences and taxonomy identifiers. We define records with identical keys as a redundant group. Our method required that we map protein database references found in interaction records to current protein sequence records. Operations performed during this mapping are described by a mapping score that may provide valuable feedback to source interaction databases on problematic references that are malformed, deprecated, ambiguous or unfound. Keys for protein participants allow for retrieval of interaction information independent of the protein references used in the original records. We have applied our method to protein interaction records from BIND, BioGrid, DIP, HPRD, IntAct, MINT, MPact, MPPI and OPHID. The resulting interaction reference index is provided in PSI-MITAB 2.5 format at . This index may form the basis of alternative redundant groupings based on gene identifiers or near sequence identity groupings.
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