Solving protein structures using short-distance cross-linking constraints as a guide for discrete molecular dynamics simulations.
Solving protein structures using short-distance cross-linking constraints as a guide for discrete molecular dynamics simulations.
复制标题
DOI：
10.1126/sciadv.1700479
复制
发表时间：
2017-07
期刊：
影响因子：
13.6
通讯作者：
Borchers CH
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Brodie NI;Popov KI;Petrotchenko EV;Dokholyan NV;Borchers CH
短距离交联约束与离散分子动力学相结合，使蛋白质结构的快速预测。我们提出了一个集成的实验和计算方法从头蛋白质结构的测定，其中短距离交联数据被纳入快速离散分子动力学（DMD）模拟的约束条件，减少构象空间，实现正确的蛋白质折叠的实际时间尺度。我们在肌红蛋白和FK 506结合蛋白上测试了我们的方法-分别为富含α螺旋和富含β折叠蛋白的模型-并发现获得的最低能量结构与晶体结构，氢氘交换，表面修饰和长距离交联验证数据一致。我们的方法很容易适用于其他未知结构的蛋白质。
Short-distance cross-linking constraints combined with discrete molecular dynamics enable rapid prediction of protein structures. We present an integrated experimental and computational approach for de novo protein structure determination in which short-distance cross-linking data are incorporated into rapid discrete molecular dynamics (DMD) simulations as constraints, reducing the conformational space and achieving the correct protein folding on practical time scales. We tested our approach on myoglobin and FK506 binding protein—models for α helix–rich and β sheet–rich proteins, respectively—and found that the lowest-energy structures obtained were in agreement with the crystal structure, hydrogen-deuterium exchange, surface modification, and long-distance cross-linking validation data. Our approach is readily applicable to other proteins with unknown structures.
登录
查看更多内容
影响因子：
14.9
作者：
Cole C;Barber JD;Barton GJ
通讯作者：
Barton GJ
DOI：
10.1074/mcp.m115.048504
发表时间：
2016-03
期刊：
Molecular & cellular proteomics : MCP
影响因子：
--
作者：
Belsom A;Schneider M;Fischer L;Brock O;Rappsilber J
通讯作者：
Rappsilber J
DOI：
10.1016/s1359-0278(98)00072-8
发表时间：
1998-01-01
期刊：
FOLDING & DESIGN
影响因子：
--
作者：
Dokholyan, NV;Buldyrev, SV;Shakhnovich, EI
通讯作者：
Shakhnovich, EI
DOI：
10.1073/pnas.1506788112
发表时间：
2015-06-02
影响因子：
11.1
作者：
MacCallum, Justin L.;Perez, Alberto;Dill, Ken A.
通讯作者：
Dill, Ken A.
影响因子：
5.5
作者：
Palazzesi, Ferruccio;Prakash, Meher K.;Barducci, Alessandro
通讯作者：
Barducci, Alessandro