Structural Basis for tRNA Mimicry by a Bacterial Y RNA.
Structural Basis for tRNA Mimicry by a Bacterial Y RNA.
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DOI：
10.1016/j.str.2018.09.001
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发表时间：
2018-12-04
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Xiong Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wang W;Chen X;Wolin SL;Xiong Y
非编码 Y RNA 存在于动物细胞和许多细菌中。在所有被检查的物种中，Y RNA 将 Ro60 蛋白与效应蛋白结合以执行各种细胞功能。最近，在细菌中发现了一个新的 Y RNA 亚家族。这些 YrlA（Y RNA 样 A）RNA 的生物信息学分析预测效应子结合域类似于 tRNA。我们展示了该结构域的结构，其整体折叠与典型的 tRNA 惊人地相似。 YrlA 中存在负责稳定 tRNA 的三级相互作用，使其成为接近的 tRNA 模拟物。然而，YrlA 缺乏游离的 CCA 末端，并且在对应于反密码子茎的茎中含有一个扭结。由于 D 和 T 茎中的核苷酸在 YrlAs 中是保守的，因此它们可能是未知因子的相互作用位点。我们的实验将 YrlA RNA 鉴定为一类新的 tRNA 模拟物。王伟等人。描述了鼠伤寒沙门氏菌 YrlA RNA 效应子结合模块的晶体结构，该模块与 tRNA 非常相似。该模块存在于多种细菌中。它可能通过将效应分子与 Ro60/Rsr 蛋白连接来调节 RNA 代谢来发挥作用。
Noncoding Y RNAs are present in both animal cells and many bacteria. In all species examined, Y RNAs tether the Ro60 protein to an effector protein to perform various cellular functions. Recently, a new Y RNA subfamily was identified in bacteria. Bioinformatic analyses of these YrlA (Y RNA-like A) RNAs predict that the effector-binding domain resembles tRNA. We present the structure of this domain, the overall folding of which is strikingly similar to canonical tRNAs. The tertiary interactions that are responsible for stabilizing tRNA are present in YrlA, making it a close tRNA mimic. However, YrlA lacks a free CCA end and contains a kink in the stem corresponding to the anticodon stem. Since nucleotides in the D and T stems are conserved among YrlAs, they may be an interaction site for an unknown factor. Our experiments identify YrlA RNAs as a new class of tRNA mimics. Wei Wang et al. described the crystal structure of the S. Typhimurium YrlA RNA effector binding module, which closely mimics that of tRNA. This module is present in a wide range of bacteria. It may function by tethering an effector molecule to the Ro60/Rsr protein to modulate RNA metabolism.
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影响因子：
14.9
作者：
Goujon M;McWilliam H;Li W;Valentin F;Squizzato S;Paern J;Lopez R
通讯作者：
Lopez R
影响因子：
2.9
作者：
ROSENSTEIN, SP;BEEN, MD
通讯作者：
BEEN, MD
影响因子：
4.5
作者：
Green, CD;Long, KS;Wolin, SL
通讯作者：
Wolin, SL
DOI：
10.1107/s0907444904019158
发表时间：
2004-12-01
影响因子：
2.2
作者：
Emsley, P;Cowtan, K
通讯作者：
Cowtan, K
影响因子：
5.6
作者：
HINGERTY, B;BROWN, RS;JACK, A
通讯作者：
JACK, A