Ensembl BioMarts: a hub for data retrieval across taxonomic space.
Ensembl BioMarts: a hub for data retrieval across taxonomic space.
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DOI：
10.1093/database/bar030
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发表时间：
2011
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Flicek P
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kinsella RJ;Kähäri A;Haider S;Zamora J;Proctor G;Spudich G;Almeida-King J;Staines D;Derwent P;Kerhornou A;Kersey P;Flicek P
多年来，BioMart数据仓库系统已被证明是科学家寻求快速和多功能手段访问Ensembl项目提供的日益增长的基因组数据的宝贵资源。2009年启动的Ensembl基因组项目是对Ensembl项目的补充，它利用同样的可视化、互动和编程工具，为用户提供了一种获取另外五个领域基因组数据的手段：原生生物、细菌、后生动物、植物和真菌。Ensembl和Ensembl Genomes BioMarts提供了一个访问跨分类学空间的基因组的高质量基因注释、变异数据、功能和调控注释以及进化关系的点。本文旨在全面概述Ensembl和Ensembl Genomes BioMarts以及一些有用的示例，并描述当前数据内容和未来目标。数据库URL：http://www.ensembl.org/biomart/martview/;http://metazoa.ensembl.org/biomart/martview/;http://plants.ensembl.org/biomart/martview/;http://protists.ensembl.org/biomart/martview/;http://fungi.ensembl.org/biomart/martview/;http://bacteria.ensembl.org/biomart/martview/
For a number of years the BioMart data warehousing system has proven to be a valuable resource for scientists seeking a fast and versatile means of accessing the growing volume of genomic data provided by the Ensembl project. The launch of the Ensembl Genomes project in 2009 complemented the Ensembl project by utilizing the same visualization, interactive and programming tools to provide users with a means for accessing genome data from a further five domains: protists, bacteria, metazoa, plants and fungi. The Ensembl and Ensembl Genomes BioMarts provide a point of access to the high-quality gene annotation, variation data, functional and regulatory annotation and evolutionary relationships from genomes spanning the taxonomic space. This article aims to give a comprehensive overview of the Ensembl and Ensembl Genomes BioMarts as well as some useful examples and a description of current data content and future objectives. Database URLs: http://www.ensembl.org/biomart/martview/; http://metazoa.ensembl.org/biomart/martview/; http://plants.ensembl.org/biomart/martview/; http://protists.ensembl.org/biomart/martview/; http://fungi.ensembl.org/biomart/martview/; http://bacteria.ensembl.org/biomart/martview/
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影响因子：
14.9
作者：
Bruford, Elspeth A.;Lush, Michael J.;Wright, Mathew W.;Sneddon, Tam P.;Povey, Sue;Birney, Ewan
通讯作者：
Birney, Ewan
影响因子：
5.8
作者：
McLaren, William;Pritchard, Bethan;Cunningham, Fiona
通讯作者：
Cunningham, Fiona
影响因子：
14.9
作者：
Wilming, L. G.;Gilbert, J. G. R.;Harrow, J. L.
通讯作者：
Harrow, J. L.
影响因子：
7
作者：
Vilella, Albert J.;Severin, Jessica;Birney, Ewan
通讯作者：
Birney, Ewan
DOI：
10.1007/978-1-60761-987-1_6
发表时间：
2011-01-01
期刊：
DATA MINING IN PROTEOMICS: FROM STANDARDS TO APPLICATIONS
影响因子：
--
作者：
Vizcaino, Juan Antonio;Reisinger, Florian;Martens, Lennart
通讯作者：
Martens, Lennart