TAL Effector-Nucleotide Targeter (TALE-NT) 2.0: tools for TAL effector design and target prediction.
TAL Effector-Nucleotide Targeter (TALE-NT) 2.0: tools for TAL effector design and target prediction.
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DOI：
10.1093/nar/gks608
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发表时间：
2012-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Bogdanove AJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Doyle EL;Booher NJ;Standage DS;Voytas DF;Brendel VP;Vandyk JK;Bogdanove AJ
转录激活因子样效应子（TAL）是植物病原细菌用来操纵宿主基因表达的含有重复序列的蛋白质。重复序列是多态性的，并且单独指定DNA靶中的单个核苷酸，具有一定的简并性。将重复类型与指定核苷酸连接的TAL效应物-核苷酸结合代码使得能够预测TAL效应物的基因组结合位点并定制TAL效应物以用于DNA靶向，特别是作为用于工程化基因调控的定制转录因子和作为用于基因组编辑的位点特异性核酸酶。我们已经开发了一套基于网络的工具，称为TAL标记物-核苷酸靶向物2.0（TALE-NT 2.0; https：//boglab.plp.iastate.edu/），其能够设计用于所需靶标的定制TAL效应物重复序列阵列，并预测基因组、启动子组或其他感兴趣序列中的TAL效应物结合位点，按可能性排序。搜索参数可以由用户设置以与任何TAL效应物或TAL效应物核酸酶架构一起工作。应用范围从设计高度特异性的DNA靶向工具和识别潜在的脱靶位点到预测植物疾病中重要的效应靶点。
Transcription activator-like (TAL) effectors are repeat-containing proteins used by plant pathogenic bacteria to manipulate host gene expression. Repeats are polymorphic and individually specify single nucleotides in the DNA target, with some degeneracy. A TAL effector-nucleotide binding code that links repeat type to specified nucleotide enables prediction of genomic binding sites for TAL effectors and customization of TAL effectors for use in DNA targeting, in particular as custom transcription factors for engineered gene regulation and as site-specific nucleases for genome editing. We have developed a suite of web-based tools called TAL Effector-Nucleotide Targeter 2.0 (TALE-NT 2.0; https://boglab.plp.iastate.edu/) that enables design of custom TAL effector repeat arrays for desired targets and prediction of TAL effector binding sites, ranked by likelihood, in a genome, promoterome or other sequence of interest. Search parameters can be set by the user to work with any TAL effector or TAL effector nuclease architecture. Applications range from designing highly specific DNA targeting tools and identifying potential off-target sites to predicting effector targets important in plant disease.
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影响因子：
3.7
作者：
Geissler R;Scholze H;Hahn S;Streubel J;Bonas U;Behrens SE;Boch J
通讯作者：
Boch J
影响因子：
46.9
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
14.9
作者：
Li T;Huang S;Jiang WZ;Wright D;Spalding MH;Weeks DP;Yang B
通讯作者：
Yang B
Biopython：用于计算分子生物学和生物信息学的免费 Python 工具。
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp163
发表时间：
2009-06-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Cock PJ;Antao T;Chang JT;Chapman BA;Cox CJ;Dalke A;Friedberg I;Hamelryck T;Kauff F;Wilczynski B;de Hoon MJ
通讯作者：
de Hoon MJ
影响因子：
46.9
作者：
通讯作者：
--