Tentative mapping of transcription-induced interchromosomal interaction using chimeric EST and mRNA data.
Tentative mapping of transcription-induced interchromosomal interaction using chimeric EST and mRNA data.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0000254
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发表时间：
2007-02-28
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Claverie JM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Unneberg P;Claverie JM
最近对染色体构象的研究表明，染色体在细胞核中共定位，将转录工厂中的活性基因聚集在一起。这种主动转录基因的空间接近性可以在转录水平上为RNA相互作用提供一种手段。我们筛选了公共数据库中的嵌合EST和mRNA序列，目的是绘制转录诱导的染色体间相互作用。我们认为嵌合转录物可能是活性基因近距离接触的结果，无论是作为功能产物还是转录过程中的“噪音”，它们都可以用作染色体相互作用的探针。我们总共发现了5614个嵌合est和587个嵌合mrna符合我们的选择标准。由于它们的高质量，mRNA的发现特别有趣，我们希望它们可以为分子生物学不同领域的专家提供思考的食物。
Recent studies on chromosome conformation show that chromosomes colocalize in the nucleus, bringing together active genes in transcription factories. This spatial proximity of actively transcribing genes could provide a means for RNA interaction at the transcript level. We have screened public databases for chimeric EST and mRNA sequences with the intent of mapping transcription-induced interchromosomal interactions. We suggest that chimeric transcripts may be the result of close encounters of active genes, either as functional products or “noise” in the transcription process, and that they could be used as probes for chromosome interactions. We have found a total of 5,614 chimeric ESTs and 587 chimeric mRNAs that meet our selection criteria. Due to their higher quality, the mRNA findings are of particular interest and we hope that they may serve as food for thought for specialists in diverse areas of molecular biology.
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