Marsupial genome analysis suggests that satellite DNA formation from walb endogenous retrovirus is an event specific to the red‐necked wallaby
Marsupial genome analysis suggests that satellite DNA formation from walb endogenous retrovirus is an event specific to the red‐necked wallaby
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有袋动物基因组分析表明，袋鼠内源性逆转录病毒形成卫星DNA是红颈袋鼠特有的事件
DOI：
10.1111/gtc.12999
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发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
2.1
通讯作者：
Nishihara Hidenori
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Koga Akihiko;Hashimoto Kenji;Honda Yusuke;Nishihara Hidenori
我们最近发现了walbRep，这是一种位于红颈小袋鼠Notamacropus rufogriseus基因组中的卫星DNA。它起源于海原性逆转录病毒，并以保留原病毒结构的方式组织。walbRep重复单元的平均成对核苷酸同一性高达99.5%，提高了最近起源的可能性。塔玛沙袋鼠。Eugenii是一个物种，估计在200万到300万年前从红颈袋鼠中分化出来。在对这两个物种和其他相关物种的PCR分析中，仅在红颈小袋鼠中观察到walbRep特异性片段扩增。序列数据库搜索tammar小袋鼠导致序列比对列表，其足够强大以排除walbRep存在的可能性。这些结果表明，walbRep的形成发生在红颈小袋鼠谱系从tammar小袋鼠谱系分化之后，因此在最大的300万年的时间跨度内。
We recently identified walbRep, a satellite DNA residing in the genome of the red‐necked wallabyNotamacropus rufogriseus. It originates from thewalbendogenous retrovirus and is organized in a manner in which the provirus structure is retained. The walbRep repeat units feature an average pairwise nucleotide identity as high as 99.5%, raising the possibility of a recent origin. The tammar wallabyN. eugeniiis a species estimated to have diverged from the red‐necked wallaby 2–3 million years ago. In PCR analyses of these two and other related species, walbRep‐specific fragment amplification was observed only in the red‐necked wallaby. Sequence database searches for the tammar wallaby resulted in sequence alignment lists that were sufficiently powerful to exclude the possibility of walbRep existence. These results suggested that the walbRep formation occurred in the red‐necked wallaby lineage after its divergence from the tammar wallaby lineage, thus in a time span of maximum 3 million years.
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