StarScan: a web server for scanning small RNA targets from degradome sequencing data.
StarScan: a web server for scanning small RNA targets from degradome sequencing data.
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StarScan：用于从降解组测序数据中扫描小 RNA 目标的网络服务器。
DOI：
10.1093/nar/gkv524
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发表时间：
2015-07-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Qu LH
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Liu S;Li JH;Wu J;Zhou KR;Zhou H;Yang JH;Qu LH
内源小非编码RNA(SRNAs)，包括microRNAs、PIWI相互作用的RNAs和小干扰RNAs，通过与蛋白质编码和非编码转录本配对，在动植物中发挥着重要的基因调控作用。然而，通过计算将这些不同的sRNA分配给它们的调控目标基因在技术上仍然具有挑战性。最近，一种高通量的降解基因组测序方法被应用于鉴定生物学上相关的sRNA裂解位点。在这项研究中，开发了一个基于网络的综合工具StarScan(SRNA目标扫描)，用于使用20个物种的降解基因组测序数据扫描sRNA靶标。给出植物或动物的sRNA序列，我们的网络服务器执行超快和详尽的搜索，在有注释和未注释的基因组区域中寻找潜在的sRNA-靶相互作用。使用一种新的工具alignScore进一步评估了小RNA与目标转录本之间的相互作用。开发了一种新的工具，degradomeBinomTest，用于定量位于sRNA 5‘端9-11个核苷酸的降解dome片段的丰度。这是第一个用于发现植物和动物中潜在的sRNA介导的RNA切割事件的网络服务器，它提供了对sRNA调节作用的机械性见解。StarScan Web服务器可在http://mirlab.sysu.edu.cn/starscan/.上获得
Endogenous small non-coding RNAs (sRNAs), including microRNAs, PIWI-interacting RNAs and small interfering RNAs, play important gene regulatory roles in animals and plants by pairing to the protein-coding and non-coding transcripts. However, computationally assigning these various sRNAs to their regulatory target genes remains technically challenging. Recently, a high-throughput degradome sequencing method was applied to identify biologically relevant sRNA cleavage sites. In this study, an integrated web-based tool, StarScan (sRNA target Scan), was developed for scanning sRNA targets using degradome sequencing data from 20 species. Given a sRNA sequence from plants or animals, our web server performs an ultrafast and exhaustive search for potential sRNA–target interactions in annotated and unannotated genomic regions. The interactions between small RNAs and target transcripts were further evaluated using a novel tool, alignScore. A novel tool, degradomeBinomTest, was developed to quantify the abundance of degradome fragments located at the 9–11th nucleotide from the sRNA 5′ end. This is the first web server for discovering potential sRNA-mediated RNA cleavage events in plants and animals, which affords mechanistic insights into the regulatory roles of sRNAs. The StarScan web server is available at http://mirlab.sysu.edu.cn/starscan/.
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DOI：
10.3322/caac.21244
发表时间：
2014-09
期刊：
CA: a cancer journal for clinicians
影响因子：
--
作者：
Berindan-Neagoe I;Monroig Pdel C;Pasculli B;Calin GA
通讯作者：
Calin GA
影响因子：
48
作者：
Langmead, Ben;Salzberg, Steven L.
通讯作者：
Salzberg, Steven L.
影响因子：
14.9
作者：
Brousse C;Liu Q;Beauclair L;Deremetz A;Axtell MJ;Bouché N
通讯作者：
Bouché N
影响因子：
7
作者：
Harrow J;Frankish A;Gonzalez JM;Tapanari E;Diekhans M;Kokocinski F;Aken BL;Barrell D;Zadissa A;Searle S;Barnes I;Bignell A;Boychenko V;Hunt T;Kay M;Mukherjee G;Rajan J;Despacio-Reyes G;Saunders G;Steward C;Harte R;Lin M;Howald C;Tanzer A;Derrien T;Chrast J;Walters N;Balasubramanian S;Pei B;Tress M;Rodriguez JM;Ezkurdia I;van Baren J;Brent M;Haussler D;Kellis M;Valencia A;Reymond A;Gerstein M;Guigó R;Hubbard TJ
通讯作者：
Hubbard TJ
影响因子：
11.8
作者：
Gregory, Brian D.;O'Malley, Ronan C.;Ecker, Joseph R.
通讯作者：
Ecker, Joseph R.