SILACtor: software to enable dynamic SILAC studies.
SILACtor: software to enable dynamic SILAC studies.
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DOI：
10.1021/ac2017053
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发表时间：
2011-11-15
影响因子：
7.4
通讯作者：
Bruce, James E.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hoopmann, Michael P.;Chavez, Juan D.;Bruce, James E.
细胞培养中氨基酸稳定同位素标记 (SILAC) 是蛋白质组学中的一种多功能工具，已用于大规模探索蛋白质周转。然而，这些研究提出了一项重大任务，可以通过使用自动化数据分析的计算工具来大大简化这项任务。虽然 SILAC 技术通过多种软件工具的可用性而得到快速采用，但不存在用于自动分析使用 SILAC 技术生成的蛋白质周转数据的算法。这里介绍的是一个软件工具 SILACtor，旨在追踪和比较多个时间点的 SILAC 标记肽。 SILACtor 用于使用 SILAC 标签追踪方法来分析 500 多种 HeLa 细胞蛋白质的蛋白质周转率。此外，SILACtor 还包含一种自动生成精确质量和保留时间包含列表的方法，该列表以目标肽为目标，相对于样品中观察到的其他肽，显示出快速或缓慢的周转率。 SILACtor 使用 SILAC 技术改进蛋白质周转研究，并提供可扩展至比较 SILAC 分析和目标方法的功能框架。
Stable isotope labeling by amino acids in cell culture (SILAC) is a versatile tool in proteomics that has been used to explore protein turnover on a large-scale. However, these studies pose a significant undertaking that can be greatly simplified through the use of computational tools that automate the data analysis. While SILAC technology has enjoyed rapid adoption through the availability of several software tools, algorithms do not exist for the automated analysis of protein turnover data generated using SILAC technology. Presented here is a software tool, SILACtor, designed to trace and compare SILAC-labeled peptides across multiple time points. SILACtor is used to profile protein turnover rates for more than 500 HeLa cell proteins using a SILAC label-chase approach. Additionally, SILACtor contains a method for the automated generation of accurate mass and retention time inclusion lists that target peptides of interest showing fast or slow turnover rates relative to the other peptides observed in the samples. SILACtor enables improved protein turnover studies using SILAC technology and also provides a framework for features extensible to comparative SILAC analyses and targeted methods.
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影响因子：
3.4
作者：
Deutsch, Eric W.;Mendoza, Luis;Shteynberg, David;Farrah, Terry;Lam, Henry;Tasman, Natalie;Sun, Zhi;Nilsson, Erik;Pratt, Brian;Prazen, Bryan;Eng, Jimmy K.;Martin, Daniel B.;Nesvizhskii, Alexey I.;Aebersold, Ruedi
通讯作者：
Aebersold, Ruedi
影响因子：
7
作者：
Hwang, Sun-Il;Lundgren, Deborah H.;Han, David K.
通讯作者：
Han, David K.
DOI：
10.1016/s1044-0305(03)00146-6
发表时间：
2003-09-01
影响因子：
3.2
作者：
Strittmatter, EF;Ferguson, PL;Smith, RD
通讯作者：
Smith, RD
影响因子：
4.8
作者：
Ong, SE;Foster, LJ;Mann, M
通讯作者：
Mann, M
影响因子：
3.7
作者：
Chavez JD;Hoopmann MR;Weisbrod CR;Takara K;Bruce JE
通讯作者：
Bruce JE