A guided tour of the Trans-Proteomic Pipeline.
A guided tour of the Trans-Proteomic Pipeline.
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DOI：
10.1002/pmic.200900375
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发表时间：
2010-03
期刊：
影响因子：
3.4
通讯作者：
Aebersold, Ruedi
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Deutsch, Eric W.;Mendoza, Luis;Shteynberg, David;Farrah, Terry;Lam, Henry;Tasman, Natalie;Sun, Zhi;Nilsson, Erik;Pratt, Brian;Prazen, Bryan;Eng, Jimmy K.;Martin, Daniel B.;Nesvizhskii, Alexey I.;Aebersold, Ruedi
跨蛋白质组学流程（TPP）是一套用于分析串联质谱数据集的软件工具。这些工具在一个单一的集成软件系统中涵盖了蛋白质组学数据分析工作流程的大部分步骤。具体而言，TPP支持从光谱仪输出文件转换到蛋白质水平统计验证的所有步骤，包括通过稳定同位素比率进行定量。我们在此描述TPP的完整工作流程及其内部工具，并结合一个样本数据集的示例，表明这些工具的设置和使用简单明了，有良好的支持，且不需要专门的信息学资源或知识。
The Trans-Proteomic Pipeline (TPP) is a suite of software tools for the analysis of tandem mass spectrometry datasets. The tools encompass most of the steps in a proteomic data analysis workflow in a single, integrated software system. Specifically, the TPP supports all steps from spectrometer output file conversion to protein-level statistical validation, including quantification by stable isotope ratios. We describe here the full workflow of the TPP and the tools therein, along with an example on a sample dataset, demonstrating that the set up and use of the tools is straightforward and well supported and does not require specialized informatics resources or knowledge.
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影响因子：
3.4
作者：
Deutsch, Eric W.;Shteynberg, David;Lam, Henry;Sun, Zhi;Eng, Jimmy K.;Carapito, Christine;von Haller, Priska D.;Tasman, Natalie;Mendoza, Luis;Farrah, Terry;Aebersold, Ruedi
通讯作者：
Aebersold, Ruedi
影响因子：
5.8
作者：
Craig, R;Beavis, RC
通讯作者：
Beavis, RC
DOI：
10.1074/mcp.m700504-mcp200
发表时间：
2008-11
期刊：
Molecular & cellular proteomics : MCP
影响因子：
--
作者：
Martin DB;Holzman T;May D;Peterson A;Eastham A;Eng J;McIntosh M
通讯作者：
McIntosh M
影响因子：
3.4
作者：
Deutsch, Eric
通讯作者：
Deutsch, Eric
影响因子：
46.9
作者：
Han, DK;Eng, J;Aebersold, R
通讯作者：
Aebersold, R