Improved precision and accuracy for microarrays using updated probe set definitions.
Improved precision and accuracy for microarrays using updated probe set definitions.
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使用更新的探针集定义提高了微阵列的精度和精度。
DOI：
10.1186/1471-2105-8-48
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发表时间：
2007-02-08
影响因子：
3
通讯作者：
Larsson O
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sandberg R;Larsson O
微阵列能够高通量检测转录物表达水平。不同的研究人员最近引入了更新的探针组定义，以更准确地将探针映射到我们当前的基因和转录本知识。我们证明，与原始 Affymetrix 定义相比，更新的探针集定义在探针集估计方面提供了更好的精度和准确度。我们表明，精度的提高主要取决于集成到每个探针组中的探针数量的增加，但我们也证明了使用相同数量的探针时的改进。更新的探针组定义不仅提供了与基因和转录本相关的更准确的表达水平，而且还提高了估计的转录本表达水平。这些结果为使用更新的探针组定义进行微阵列数据的分析和荟萃分析提供了支持。
Microarrays enable high throughput detection of transcript expression levels. Different investigators have recently introduced updated probe set definitions to more accurately map probes to our current knowledge of genes and transcripts. We demonstrate that updated probe set definitions provide both better precision and accuracy in probe set estimates compared to the original Affymetrix definitions. We show that the improved precision mainly depends on the increased number of probes that are integrated into each probe set, but we also demonstrate an improvement when the same number of probes is used. Updated probe set definitions does not only offer expression levels that are more accurately associated to genes and transcripts but also improvements in the estimated transcript expression levels. These results give support for the use of updated probe set definitions for analysis and meta-analysis of microarray data.
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作者：
Farh, KKH;Grimson, A;Bartel, DP
通讯作者：
Bartel, DP
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作者：
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通讯作者：
Speed, TP
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Elo, LL;Lahti, L;Skottman, H;Kyläniemi, M;Lahesmaa, R;Aittokallio, T
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